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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber怎么处理模拟前的DNA
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)

[求助] amber怎么处理模拟前的DNA 已有2人参与

我想用amber跑一个带有小分子的DNA，DNA和小分子都是自己用sybyl画的，小分子力场建好了，但是在用amber处理前期出现下列错误信息
输完这个命令后：comp = loadpdb DNA_2pc_3d.pdb

Loading PDB file: ./DNA_2pc_3d.pdb
-- residue 19: duplicate [ C] atoms (total 36)
-- residue 19: duplicate [ H] atoms (total 49)
-- residue 19: duplicate [ N] atoms (total 13)
-- residue 19: duplicate [ O] atoms (total 7)
-- residue 20: duplicate [ C] atoms (total 36)
-- residue 20: duplicate [ H] atoms (total 49)
-- residue 20: duplicate [ N] atoms (total 13)
-- residue 20: duplicate [ O] atoms (total 7)
Unknown residue: PC   number: 18   type: Nonterminal
Unknown residue: PC   number: 19   type: Terminal/last
..relaxing end constraints to try for a dbase match
。。。。。。。。。。。。。。。。。。
Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DA 37>
Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DA 37>
Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DT3 38>
Created a new atom named: HCA within residue: .R<DT3 38>
Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DT3 38>
Bond: Maximum coordination exceeded on .R<PC 19>.A<H 3>
      -- setting atoms pert=true overrides default limits
ATOMS NOT BONDED: .R<PC 19>.A<N 2> .R<PC 19>.A<H 3>
!FATAL ERROR----------------------------------------
!FATAL:    In file [atom.c], line 444
!FATAL:    Message: bondAtomProblem found
!
!ABORTING.
请问是怎么回事？是DNA的问题吗？那么DNA该怎么处理呢？
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1楼 2014-06-18 11:38:29
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by iamthinking at 2014-06-20 17:15:38
是哒...

谢谢
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11楼2014-06-22 23:38:21
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-19 14:57:27
本帖内容被屏蔽
2楼2014-06-18 13:27:37
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dxl20132009

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-06-18 13:27:37
duplicated atom names

那要怎么修改呢？我的复合物体系含有两个相同的小分子，我见小分子力场的时候用的小分子的pdb文件包含一个小分子还是两个？
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-19 10:13:02
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dxl20132009(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-25 13:52:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by dxl20132009 at 2014-06-19 10:13:02
那要怎么修改呢？我的复合物体系含有两个相同的小分子，我见小分子力场的时候用的小分子的pdb文件包含一个小分子还是两个？...

当然是两个，不过残基序号要注意区分，
另外Bond: Maximum coordination exceeded，pdb内原子配位数超过amber的默认值8，如果你的分子确实含有8配位以上，修改atom.h文件里的MAXBOND变量重新编译amber
赞一下 回复此楼
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
4楼2014-06-19 14:40:34
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