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dxl20132009超级版主
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amber怎么处理模拟前的DNA 已有2人参与
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我想用amber跑一个带有小分子的DNA，DNA和小分子都是自己用sybyl画的，小分子力场建好了，但是在用amber处理前期出现下列错误信息 输完这个命令后：comp = loadpdb DNA_2pc_3d.pdb Loading PDB file: ./DNA_2pc_3d.pdb -- residue 19: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 19: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 19: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 19: duplicate [ O] atoms (total 7) -- residue 20: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 20: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 20: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 20: duplicate [ O] atoms (total 7) Unknown residue: PC number: 18 type: Nonterminal Unknown residue: PC number: 19 type: Terminal/last ..relaxing end constraints to try for a dbase match 。。。。。。。。。。。。。。。。。。 Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: HCA within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DT3 38> Bond: Maximum coordination exceeded on .R<PC 19>.A<H 3> -- setting atoms pert=true overrides default limits ATOMS NOT BONDED: .R<PC 19>.A<N 2> .R<PC 19>.A<H 3> !FATAL ERROR---------------------------------------- !FATAL: In file [atom.c], line 444 !FATAL: Message: bondAtomProblem found ! !ABORTING. 请问是怎么回事？是DNA的问题吗？那么DNA该怎么处理呢？ |
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