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ym23铁杆木虫 (著名写手)
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分子动力学模拟时间的意义？ 已有4人参与
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请问各位： 在分子动力学模拟（MD）中，包括l经典MD，第一性原理MD，量子化学MD。 模拟时间的意义或作用是什么呢？ 或者说几百ps到十几ns在计算中大概是依据什么原则划分的呢？ 模拟时间与真实的实验时间又是什么关系呢？ 谢谢大家了！ |
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11楼2014-06-21 09:24:18
fhh2626
木虫 (正式写手)
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3楼2014-06-13 08:17:19
ym23
铁杆木虫 (著名写手)
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4楼2014-06-13 10:04:47
pigrass
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【答案】应助回帖
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ym23: 金币+5, ★★★很有帮助, 好长知识 2014-06-16 14:09:48
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:59:58
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关于分子动力学时长的设定 分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。 分子动力学 但是通常情况下，体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动，而这种运动对计算某些 宏观性质 并不产生影响，因此就产生了屏蔽分子内部振动或其他无关运动的约束动力学，约束动力学可以有效地增长分子动力学模拟的时间步长，提高搜索相空间的能力。 |
6楼2014-06-16 08:37:51
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