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yolanda1234

金虫 (小有名气)

[求助] 多个势函数 已有1人参与

最近看一篇文献,请问如果用tersoff势函数描述平面层间的原子作用力,而用L-J势函数来描述层与层之间的作用力,这样的话,在lammps中使用pair_style hybrid tersoff lj/cut ?
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新手上路,小木虫,我的科研伴侣
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田淮安

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yolanda1234: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常详细,谢谢 2014-06-09 20:26:04
月只蓝: 金币+8, 感谢指导! 2014-06-17 15:28:04
很遗憾,根据我的经验,hybrid无法实现你的想法。原因是单纯的hybrid无法区分层内和层间。当然可以通过将不同层原子设为不同种类来区分,但这样会加大工作量,可能也只适合研究双层石墨烯。
假设你是研究石墨(graphite)而不是层状氮化硼(hBN),那么LAMMPS自带的势能AIREBO势,已经可以满足你的需要了,参见pair_style airebo一节。它就是普通REBO与LJ的混合势,可以精确描述层内C--C键,并粗略描述层间范德华力。
如果想要更精准地描述范式力,需要特殊的方法来区分“层间”和“层内”,并用DFT方法校正势能的一些参数。我知道有两个研究组做到了这一点,分别是芬兰的K. Nordlund组和日本的Ito组,相应的文章为
(1) K. Nordlund, J. Keinonen , T. Mattila, Physical review letters 77 (1996), 699
(2) A. Ito, H. Nakamura, Commun. Comput. Phys. 4 (2008) 592.

建议,根据你的研究课题涉及到的作用力精度来选择势能。我大致把精度分为以下四级:
1、不用考虑层间力:比如研究keV离子团簇轰击石墨引起的溅射,这时范德华力的量级已经小到不会影响溅射结果,可以直接忽略它。势能直接用REBO或者Tersoff都可以。
2、粗略考虑层间力:这时需要稍稍考虑层与层的吸引,但不涉及精细的层间结构。AIREBO能基本描述范德华力,很多文献也是用它来研究石墨的,LAMMPS官网也有对这一点的认可,见http://lammps.sandia.gov/threads/msg34590.html
3、精确考虑层间力:比如H轰击石墨引起的化学溅射,这里涉及到层间杂质以及层间桥梁结构,就需要用DFT校正一下经验势如REBO的参数。势能就是前面提到的两篇文章,可惜它们似乎不公开,而且不一定能加载到LAMMPS。
4、非常精确地考虑层间力:比如层间间隙原子的形成和迁移,这里就需要用第一性原理如DFT来算,经典MD已经达不到这种精度了。下面的文章是一个例子
(3) A. Gulans, A. V. Krasheninnikov, M. J. Puska, R. M. Nieminen, Physical Review B 84 (2011) 024114.
总之,AIREBO可以满足普通的石墨研究,是LAMMPS下研究石墨的理想势能选择。如果要求更高的精度,只有去学习DFT了。
希望对你有帮助。
行到水穷处,坐看云起时。
2楼2014-06-09 19:01:00
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yolanda1234

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 田淮安 at 2014-06-09 19:01:00
很遗憾,根据我的经验,hybrid无法实现你的想法。原因是单纯的hybrid无法区分层内和层间。当然可以通过将不同层原子设为不同种类来区分,但这样会加大工作量,可能也只适合研究双层石墨烯。
假设你是研究石墨(gra ...

你好,就是要研究石墨的。能具体留个联系方式,方便讨论么?email什么的都可以。
新手上路,小木虫,我的科研伴侣
3楼2014-06-09 20:26:06
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