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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » 过渡态搜素
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dongabcde

银虫 (小有名气)

[求助] 过渡态搜素 已有1人参与

大家好，我现在计算的有机物小分子在纯金属表面的反应机理，我首先用castep来求出反应物和生成物的最稳定的金属表面的吸附构型，然后再用的是DMOL3来搜索过渡态，
1. 在TS Search中得到的xsd打开却是如附件图中所示的情况，那些原子怎么会跑到晶格的外面了呢？神魔原因呢，
2. 还有就是我在reaction preview 中反应物和产物配对完之后将帧数提高到了100，而那个superimpose structure点不动，是灰色的，请问各位这个还需不需要点了，如果不点的话会有什么影响吗？
3. 第三个问题就是我自己根据文献猜测的反应路径如何判断可以行的通或者行不通？那些中间物质的吸附构构型该如何确定呢？
由于本人初用Dmol模块，出现许多的疑惑和问题，期待大神的帮助，谢谢啊
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    • 2014-06-05 08:30:28, 134 K

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1楼 2014-06-05 08:38:40
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xiaxia890927

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dongabcde at 2014-06-05 10:21:01
非常感谢你的帮助
1：我这个是一共四层金属原子，固定了下面的两层，你是说的那个optimize cell 那个吗，那个我没有选，
3： 我的那些中间体查文献基本都搜不到了呢，是不是我得自己来一个一个吸附位的试试，看哪 ...

对于吸附，是c端吸附，还是O端吸附，我都是搭建多个模型一个个试的，也还有可能是双键平行吸附。找相似的参考，醛类或酸类的吸附应该有文献报道的把。
你固定了还跑，这我也不知道为什么了。我也是个半吊子，想到做计算的几年，往事不开回首呀。
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好好学习，天天向上
5楼2014-06-05 13:41:15
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
1、如果你没 opt cell的话有可能只是个显示的问题，不行试试in-cell的显示方式。不过你的结构本身不合理，表面太小，真空层太低。另外，我建议你要么全用dmol3做，要么全用castep做，castep的结果对于dmol3计算并不一定是稳定的，这样搜索过渡态也就不是可靠的。
2、请注意reaction preview部分的help文档：The Superimpose structures option is enabled only if nonperiodic 3D model documents are selected.表面体系是周期性的（PBC），不能使用。不用的话没啥影响。
3、上面的说得对，如果你不能通过实验特征确定中间体是什么，只好每个都做猜测，并且构造不同的可能的反应路径，工作量确实很大，这是没办法的事情。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
8楼2014-06-05 16:34:07
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普通回帖

dongabcde

银虫 (小有名气)
自己顶一下期待大牛
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2楼2014-06-05 09:09:18
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xiaxia890927

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dongabcde: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-06-05 10:20:59
1：你是否考虑了表面的弛豫问题，你是所有原子都没固定吗？另外好像有个参数，叫分子晶胞还是什么是否勾选？
2：这个不知道了，你可以试下
3：根据文献先确定几条可能反应路径，在通过计算得到反应热和反应能垒，再结合具体实验数据确定最优可能路径；中间体的最佳吸附模型，首先要去查文献看有多少种可能吸附模型，再构建模型进行优化，一般取能量最低的确定为最佳吸附模型。
   我已经好久没用这软件，上面纯属参考，慎重采纳。
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好好学习，天天向上
3楼2014-06-05 09:18:26
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaxia890927 at 2014-06-05 09:18:26
1：你是否考虑了表面的弛豫问题，你是所有原子都没固定吗？另外好像有个参数，叫分子晶胞还是什么是否勾选？
2：这个不知道了，你可以试下
3：根据文献先确定几条可能反应路径，在通过计算得到反应热和反应能垒， ...

非常感谢你的帮助
1：我这个是一共四层金属原子，固定了下面的两层，你是说的那个optimize cell 那个吗，那个我没有选，
3： 我的那些中间体查文献基本都搜不到了呢，是不是我得自己来一个一个吸附位的试试，看哪个比较稳定？还有就是对于醛类和酸类的吸附不知道是C还是O与下面的金属原子连接，这个我感觉如果一个个试的话工作量太大了，有没有什么好的办法？
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4楼2014-06-05 10:21:01
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaxia890927 at 2014-06-05 13:41:15
对于吸附，是c端吸附，还是O端吸附，我都是搭建多个模型一个个试的，也还有可能是双键平行吸附。找相似的参考，醛类或酸类的吸附应该有文献报道的把。
你固定了还跑，这我也不知道为什么了。我也是个半吊子，想到 ...

很感谢你！我现在也是感觉很迷茫，
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6楼2014-06-05 15:26:22
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dongabcde

银虫 (小有名气)
期待更多大牛的指导
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7楼2014-06-05 15:48:20
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dongabcde

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-06-05 16:34:07
1、如果你没 opt cell的话有可能只是个显示的问题，不行试试in-cell的显示方式。不过你的结构本身不合理，表面太小，真空层太低。另外，我建议你要么全用dmol3做，要么全用castep做，castep的结果对于dmol3计算并不 ...

谢谢你的指导，我改变了一下显示方式用in cell方式显示之后的图形变成了附件上的图，应该是没有变少吧，这个我不太会看，还请你指导，我在表面和真空层变大一些。
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    • 2014-06-05 17:29:39, 152.5 K
9楼2014-06-05 17:30:26
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
9楼: Originally posted by dongabcde at 2014-06-05 17:30:26
谢谢你的指导，我改变了一下显示方式用in cell方式显示之后的图形变成了附件上的图，应该是没有变少吧，这个我不太会看，还请你指导，我在表面和真空层变大一些。...

你的表面建立的太小了，如果用Dmol3做的话，真空层取多大都没关系。表面太小了，我预计3x3或4x4差不多。
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10楼2014-06-05 18:26:23
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