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dongabcde银虫 (小有名气)
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过渡态搜素 已有1人参与
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大家好，我现在计算的有机物小分子在纯金属表面的反应机理，我首先用castep来求出反应物和生成物的最稳定的金属表面的吸附构型，然后再用的是DMOL3来搜索过渡态， 1. 在TS Search中得到的xsd打开却是如附件图中所示的情况，那些原子怎么会跑到晶格的外面了呢？神魔原因呢， 2. 还有就是我在reaction preview 中反应物和产物配对完之后将帧数提高到了100，而那个superimpose structure点不动，是灰色的，请问各位这个还需不需要点了，如果不点的话会有什么影响吗？ 3. 第三个问题就是我自己根据文献猜测的反应路径如何判断可以行的通或者行不通？那些中间物质的吸附构构型该如何确定呢？ 由于本人初用Dmol模块，出现许多的疑惑和问题，期待大神的帮助，谢谢啊 |
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2014-06-05 08:30:28, 134 K
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1、如果你没 opt cell的话有可能只是个显示的问题，不行试试in-cell的显示方式。不过你的结构本身不合理，表面太小，真空层太低。另外，我建议你要么全用dmol3做，要么全用castep做，castep的结果对于dmol3计算并不一定是稳定的，这样搜索过渡态也就不是可靠的。 2、请注意reaction preview部分的help文档：The Superimpose structures option is enabled only if nonperiodic 3D model documents are selected.表面体系是周期性的（PBC），不能使用。不用的话没啥影响。 3、上面的说得对，如果你不能通过实验特征确定中间体是什么，只好每个都做猜测，并且构造不同的可能的反应路径，工作量确实很大，这是没办法的事情。 |
8楼2014-06-05 16:34:07
dongabcde
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谢谢你的指导，我改变了一下显示方式用in cell方式显示之后的图形变成了附件上的图，应该是没有变少吧，这个我不太会看，还请你指导，我在表面和真空层变大一些。 |
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