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571900696

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助!新人,融合PCR一直融不上!!! 已有6人参与

我做的是三片段融合,大小分别是1039、720、980,融合片段大小为2739bp,分别先p出来,退货、、退火温度都是53度,然后进行融合,条件是   50μl 体系:
10xPCR buffer                 5μ
dNTP                              5μ
上游正向引物AF1             2μ
下游反向引物AR2             2μ
同源臂1(1039)(7.7ng/μl)             各加50ng左右作为模板
同源臂2(720)(24.6ng/μl)              
同源臂3(980)(11.8ng/μl)              
ddH2O2                      补至50μ
Taq酶                 0.25μ

预变性 94 ℃                           5min
  变性  94 ℃                            30s
  复性  53 ℃                            30s      30个循环
  延伸  72 ℃                            3min
  延伸  72 ℃                            10min
  保存  4℃

一直就融不上,后来降低退火温度升高退火温度都融不上,也设了梯度了,好奇怪三个片段的温度都是53度为什么最后融合53度就是融不上呢??难道是因为Taq酶加A尾了吗?但是我师兄做的是两片段融合就用的Taq酶啊,就融上了!为毛线!!!!求指点!!!!真是做了一学期了快!

下面上电泳图!
一直都是引物二聚体很亮,目的条带啥也没有!!!!

求助!新人,融合PCR一直融不上!!!
除了marker什么也没p出来的电泳图.jpg
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571900696

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-03 21:52:44
Marker最下面那条带上面还是有一条微弱条带的,LZ你看看大小对不对?如果大小正确可以二次PCR扩增下,用好酶扩增!!

不是,目的条带2000多,决定换好酶了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2014-06-05 07:33:21
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thinkdoll

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-03 22:26:28
那就不要三片段融合了呗,浪费的时间都够你一步一步融合的了
2楼2014-06-03 20:20:23
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-03 22:26:35
Marker最下面那条带上面还是有一条微弱条带的,LZ你看看大小对不对?如果大小正确可以二次PCR扩增下,用好酶扩增!!
大家相互帮助哈
3楼2014-06-03 21:52:44
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purRRRRRRRRR

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-06-05 10:09:57
你这pcr条带跑的也太难看了,我就没见过这么难看的条带,容不出来就对了。2000多bp的不能用taq酶了,必须用高保真的酶,这么简单的事情,难道你师兄没告诉过你吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-06-03 23:05:48
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