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571900696

金虫 (初入文坛)

[求助] 求助!新人,融合PCR一直融不上!!! 已有6人参与

我做的是三片段融合,大小分别是1039、720、980,融合片段大小为2739bp,分别先p出来,退货、、退火温度都是53度,然后进行融合,条件是   50μl 体系:
10xPCR buffer                 5μ
dNTP                              5μ
上游正向引物AF1             2μ
下游反向引物AR2             2μ
同源臂1(1039)(7.7ng/μl)             各加50ng左右作为模板
同源臂2(720)(24.6ng/μl)              
同源臂3(980)(11.8ng/μl)              
ddH2O2                      补至50μ
Taq酶                 0.25μ

预变性 94 ℃                           5min
  变性  94 ℃                            30s
  复性  53 ℃                            30s      30个循环
  延伸  72 ℃                            3min
  延伸  72 ℃                            10min
  保存  4℃

一直就融不上,后来降低退火温度升高退火温度都融不上,也设了梯度了,好奇怪三个片段的温度都是53度为什么最后融合53度就是融不上呢??难道是因为Taq酶加A尾了吗?但是我师兄做的是两片段融合就用的Taq酶啊,就融上了!为毛线!!!!求指点!!!!真是做了一学期了快!

下面上电泳图!
一直都是引物二聚体很亮,目的条带啥也没有!!!!

求助!新人,融合PCR一直融不上!!!
除了marker什么也没p出来的电泳图.jpg
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lingsheshidu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流! 2014-06-05 10:10:09
gyesang: 回帖置顶 2014-06-05 10:10:13
571900696: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-06-05 10:28:28
1. 融合PCR最好不要用Taq酶,既然楼主都知道末端加尾的问题。
2. 直接用普通PCR程序恐怕难以扩增出目的条带。不知道你同源臂相互匹配的片段有多长?建议:(1)适当延长退火时间,如果匹配片段比较长,提高退火温度。(2)减少循环数,比如10-15个循环,然后取2-5uL直接用于下一轮PCR的模板(不用跑电泳),用全长基因两端的引物扩增。如果参数调整恰当,应该可以做出来。祝实验顺利!
积累知识,抓紧奋斗!
5楼2014-06-04 08:15:40
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thinkdoll

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-03 22:26:28
那就不要三片段融合了呗,浪费的时间都够你一步一步融合的了
2楼2014-06-03 20:20:23
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-03 22:26:35
Marker最下面那条带上面还是有一条微弱条带的,LZ你看看大小对不对?如果大小正确可以二次PCR扩增下,用好酶扩增!!
大家相互帮助哈
3楼2014-06-03 21:52:44
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purRRRRRRRRR

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-06-05 10:09:57
你这pcr条带跑的也太难看了,我就没见过这么难看的条带,容不出来就对了。2000多bp的不能用taq酶了,必须用高保真的酶,这么简单的事情,难道你师兄没告诉过你吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-06-03 23:05:48
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