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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 求大神帮忙，高斯09 “open-new-file”错误
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tuxiong_1986

新虫 (初入文坛)

[求助] 求大神帮忙，高斯09 “open-new-file”错误 已有2人参与

各路大神，我使用相同的高斯GJF计算文件，相同的LSF文件向超算的计算节点提交高斯任务，甚至能看到是在超算的相同节点上计算的，但是会有一部分任务（出现概率大约为30%）的log文件停止在“open-new-file”，然后就结束了。过会使用相同的GJF文件和LSF文件提交，又可以正常完成计算了，有没有大神知道是为什么？

我的Log文件的最后几行如下：
******************************************
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                 3-Jun-2014
******************************************
%NProcShared=4
Will use up to    4 processors via shared memory.
%LindaWorker=echo,
%mem=4096MB
%chk=gaussian_check_file.chk
fname=/home-gg/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/scratch/Gau-18216.rwf fd = -1

open-new-file

跪求各位大神
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1楼 2014-06-03 14:21:34
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liuhaixx

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tuxiong_1986 at 2014-06-04 10:00:35
你所说的可能是正解，小木虫大神就是多！！...

那有没有解决问题哈。。。lsf文件应该不至于，这个归lsf platform管。log文件，你如果要读取里面的信息，可能会读到旧的文件内容，然后去取scratch目录里面旧的临时rwf文件导致不存在
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7楼2014-06-05 17:17:57
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zhficcas

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-06-03 18:26:24
系统的问题， 再次提交就可以了，也有可能是输出文件的位置不同引起的， 放在默认的目录下试一试。
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2楼2014-06-03 18:07:32
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liuhaixx

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-06-04 09:32:40
tuxiong_1986: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-06-04 18:10:34
小shen同志，注意下并行文件系统的bug，这应该不是g09的问题：
同路径，同文件名的文件，NFS共享大并发下更新可能存在延迟，你读取的可能是旧的文件。

目前的解决办法，最好是避免使用相同路径和文件名的文件。期待超算停机维护，哈哈哈～
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3楼2014-06-04 09:24:26
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tuxiong_1986

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuhaixx at 2014-06-04 09:24:26
小shen同志，注意下并行文件系统的bug，这应该不是g09的问题：
同路径，同文件名的文件，NFS共享大并发下更新可能存在延迟，你读取的可能是旧的文件。

目前的解决办法，最好是避免使用相同路径和文件名的文件。 ...

嘿嘿，都知道我是小shen同志了啊，这个问题太恼人了。
我的路径每次都是不一样的，但是高斯的log文件和lsf文件的文件名是相同的，你的意思是我应该每次把log和lsf系统的文件名换一下？？
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4楼2014-06-04 09:36:32
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