| 查看: 5419 | 回复: 3 | |||
cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
|
[求助]
经典分子动力学截断半径设置为多少比较合适？ 已有1人参与
|
|
在DL_POLY中，截断半径有两个：一个是总的截断半径cutoff，另外一个是范德华力截断半径rvdw cutoff. 程序要求rvdw cutoff <=cutoff. 我的问题是，根据什么原则来设置cutoff呢？ （1）如果计算资源无限，原则上，是不是cutoff越大越好？ （2）是不是可以通过一个系列的测试来确定合理的cutoff: 按照一定间隔设置5~8个截断半径，相同状态（nPVT)下,看系统平衡后的总能随截断半径的变化趋势。 截断半径越大，总能越低，取总能趋于稳定的最小截断半径。 （3）设置一套参数，计算可以与实验结果相比较的性质，一次来判定参数设置的合理性。但我觉得，应该先按照（2）的方式明确截断半径的影响规律，然后才考虑与实验结果的对比验证。因为，即使与实验吻合的再好，但对其中的物理本质和规律没有理解到，不能算是好的模拟计算工作。 (4)具体到简单气体分子（5个原子以下的气体分子）体系，近常温常压下分子之间的距离在15~30埃；如果考虑200*200*300埃的大盒子，截断半径一般在多大范围？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
FileCode能看出啥？
已经有16人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有9人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有4人回复
-
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有4人回复
-
基金中了
已经有15人回复
-
filecode
已经有8人回复
-
确定了，国自然21号放榜
已经有7人回复
-
综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？
已经有11人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有24人回复
-
静等基金结果
已经有16人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子动力学半径模拟
已经有3人回复
- 求助：lammps非周期边界
已经有22人回复
- 怎么实现时间步长不同的两个函数的相关计算
已经有4人回复
- 时间步长设置，截断半径设置
已经有6人回复
- 截断能 K点 原子数量 关系
已经有10人回复
- 关于MS做分子动力学的问题
已经有8人回复
- 势函数截断距离如何取？
已经有11人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【原创】分子模拟实例与挑战专题之二加速能量与力的计算
已经有28人回复
- 【求助】计算库伦相互作用
已经有8人回复
- 【转帖】VASP和ABINIT优缺点比较
已经有18人回复
- 【求助】请教分子动力学模拟
已经有8人回复
magicmonk
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 172 (高中生)
- 金币: 11451.3
- 红花: 24
- 帖子: 1124
- 在线: 3108.8小时
- 虫号: 1191315
- 注册: 2011-01-17
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-06-02 15:37:42
cenwanglai
荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 8.842
- 金币: 7441.4
- 散金: 9654
- 红花: 119
- 沙发: 23
- 帖子: 5306
- 在线: 1961.4小时
- 虫号: 537452
- 注册: 2008-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 仿真模拟
3楼2014-06-02 16:01:44
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+10, ★★★很有帮助, 感谢你的回复！ 2014-06-04 06:57:50
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-16 19:24:41
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+10, ★★★很有帮助, 感谢你的回复！ 2014-06-04 06:57:50
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-16 19:24:41
|
范德华力属于长程引力，Cutoff不宜设置太小。但是设置太大了明显大幅增加计算量，因此cutoff应该设置成满足计算精度的前提条件下的最小值。 如果势函数中已经规定了cutoff，那就不费心了。 如果势函数参数已经确定，而cutoff不确定，那么cutoff定为多少合适呢？ 一般来说应该做一个测试，设置不同的cutoff，如果有Rc1<Rc2，而相应的能量和力，以及结构参数RDF等的计算结果基本一样，那么就设为Rc1。 |
4楼2014-06-03 09:29:31
