24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1782  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lijl05

木虫 (正式写手)

[求助] 如何计算晶体中两平面间的距离已有3人参与

晶体中两个分子存在π-π堆积作用,如何计算两平面间的距离呢?用什么软件啊,我自己用diamond试过,但是不知道如何确定面中心原子,求助大家一下
回复此楼
从容面对
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lijl05: 金币+5 2014-05-27 08:25:41
在ins文件中添加两行命令,

mpla atom names for plane 1
mpla atom names for plane 2

然后保存ins,xl精修,然后去lst文件里找两个平面的距离或者夹角。
2楼2014-05-26 21:18:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

forever1706

禁虫 (知名作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cluster8676 at 2014-05-26 23:40:07
这里MPLA后面不用加入原子数n么?我以前都是加n的。...

哦,是我记得不全,去查了一下shelx-97的说明书,复制如下,多谢cluster8676提醒. 貌似不加也是可以的,平面将于后面所列出的所有原子计算得出。
MPLA na atomnames
A least-squares plane is calculated through the first na of the named atoms, and the equation
of the plane and the deviations of all the named atoms from the plane are listed with estimated
standard deviations (from the full covariance matrix). The angle to the previous least-squares
plane (if any) is also calculated, but some approximations are involved in estimating its esd.
na must be at least 3. If na is omitted the plane is fitted to all the atoms specified.
5楼2014-05-27 01:19:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

forever1706

禁虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cluster8676 at 2014-05-27 06:48:11
多谢forever1706, 我想起来了,我们当时加n,也是有其他目的的。

假如n=4,那么后面可以输入四个或者四个以上的原子,精修之后会得到第五个原子以及之后的所有原子到前面四个原子组成的平面的距离。说的有点乱。 ...

学习了。
7楼2014-05-27 15:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lijl05 的主题更新
信息提示
请填处理意见