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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

[求助] 用高斯QM/MM算频率和QST3 已有2人参与

各位大虾,小弟有个问题。

我想用高斯的QM/MM算一个反应,高层大约100个原子,低层约500个残基。  高层用B3LYP/6-31G*。

我优化了反应物和产物,并猜测了一个过渡态,想用QST3找过渡态。但是算的时候总是说内存不够,需要3506MW。可电脑没这么多内存。为何QST3要如此之大的内存?我减少低层的残基有效吗?

另外,用QM/MM算频率的时候也经常说内存不够,但是只用QM时不会出现这个问题。  是不是QM/MM的时候,低层的频率也计算了呢?能否让高斯只计算高层的频率?

谢谢各位!
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sobereva at 2014-05-27 12:29:06
没有办法只计算高层的频率,所以得减小低层的规模。截去之后,是否优化无所谓,即使不完全准确或有虚频,也不至于影响到最关键的区域
如果单独只计算高层的话,其实把边界饱和一下,直接算频率也可以。...

谢谢,我明白了。

还有一个问题想请教下,我看文献中有很多用QM/MM算大体系的催化机理,他们好像说的是用Full enzyme,没说把中心区域抠出来。而且他们也算了反应物,TS,产物的频率。他们其实是只取了一部分蛋白算频率,而没有说吗?

我要通过比较反应物,TS,产物能量来算活化能,那这三者的能量也必须用抠出来的那一部分结构来算能量?
8楼2014-05-27 14:24:30
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

有高手回答吗?急求答案,重金悬赏
2楼2014-05-23 16:23:48
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xuhu_11

金虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-05-26 09:37:47
lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型;
不知道你的计算命令具体设置,如果用dft/AMBER肯定算不了,计算量过大。
可以参考纽约大学Yingkai Zhang,他们组做地比较有心得
千万别考博!
3楼2014-05-24 11:31:19
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xuhu_11 at 2014-05-24 11:31:19
一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型;
不知道你的计算命令具体设置,如果用dft/AMBER肯定算不了,计算量过大。
可以参考纽约大学Yingkai Zhang,他们组做地比较有心得

QM/MM核心体系,意思是我把高层周围的一些区域扣出来,单独算QST?

我用的是
opt=QST3 oniom(ub3lyp/genecp:amber=hardfirst)=embedcharge geom=connectivity

方法是是B3LYP,基组是6-31G*。有一个铁原子,用Lanl2dz。
4楼2014-05-26 09:11:05
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