应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用高斯QM/MM算频率和QST3
51/1返回列表
查看: 4344  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)

[求助] 用高斯QM/MM算频率和QST3 已有2人参与

各位大虾，小弟有个问题。

我想用高斯的QM/MM算一个反应，高层大约100个原子，低层约500个残基。  高层用B3LYP/6-31G*。

我优化了反应物和产物，并猜测了一个过渡态，想用QST3找过渡态。但是算的时候总是说内存不够，需要3506MW。可电脑没这么多内存。为何QST3要如此之大的内存？我减少低层的残基有效吗？

另外，用QM/MM算频率的时候也经常说内存不够，但是只用QM时不会出现这个问题。  是不是QM/MM的时候，低层的频率也计算了呢？能否让高斯只计算高层的频率？

谢谢各位！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-22 14:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sobereva at 2014-05-27 12:29:06
没有办法只计算高层的频率，所以得减小低层的规模。截去之后，是否优化无所谓，即使不完全准确或有虚频，也不至于影响到最关键的区域
如果单独只计算高层的话，其实把边界饱和一下，直接算频率也可以。...

谢谢，我明白了。

还有一个问题想请教下，我看文献中有很多用QM/MM算大体系的催化机理，他们好像说的是用Full enzyme，没说把中心区域抠出来。而且他们也算了反应物，TS，产物的频率。他们其实是只取了一部分蛋白算频率，而没有说吗？

我要通过比较反应物，TS，产物能量来算活化能，那这三者的能量也必须用抠出来的那一部分结构来算能量？
赞一下 回复此楼
8楼2014-05-27 14:24:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
有高手回答吗？急求答案，重金悬赏
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-23 16:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuhu_11

金虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-05-26 09:37:47
lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型；
不知道你的计算命令具体设置，如果用dft/AMBER肯定算不了，计算量过大。
可以参考纽约大学Yingkai Zhang，他们组做地比较有心得
赞一下 回复此楼
千万别考博！
3楼2014-05-24 11:31:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lujunyan1118

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuhu_11 at 2014-05-24 11:31:19
一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型；
不知道你的计算命令具体设置，如果用dft/AMBER肯定算不了，计算量过大。
可以参考纽约大学Yingkai Zhang，他们组做地比较有心得

QM/MM核心体系，意思是我把高层周围的一些区域扣出来，单独算QST？

我用的是
opt=QST3 oniom(ub3lyp/genecp:amber=hardfirst)=embedcharge geom=connectivity

方法是是B3LYP，基组是6-31G*。有一个铁原子，用Lanl2dz。
赞一下 回复此楼
4楼2014-05-26 09:11:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我不理解！ +19 Edward_pc 2026-08-26 27/1350 2026-09-02 12:08 by Ai19911123
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +4 瞬息宇宙 2026-09-01 8/400 2026-09-02 10:35 by 瞬息宇宙
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭