| 查看: 4327 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
lujunyan1118金虫 (小有名气)
|
[求助]
用高斯QM/MM算频率和QST3 已有2人参与
|
||
|
各位大虾，小弟有个问题。 我想用高斯的QM/MM算一个反应，高层大约100个原子，低层约500个残基。 高层用B3LYP/6-31G*。 我优化了反应物和产物，并猜测了一个过渡态，想用QST3找过渡态。但是算的时候总是说内存不够，需要3506MW。可电脑没这么多内存。为何QST3要如此之大的内存？我减少低层的残基有效吗？ 另外，用QM/MM算频率的时候也经常说内存不够，但是只用QM时不会出现这个问题。 是不是QM/MM的时候，低层的频率也计算了呢？能否让高斯只计算高层的频率？ 谢谢各位！  |
回复此楼» 猜你喜欢
合肥工业大学854仪器技术综合专业课考研
已经有0人回复
-
27年电化学博士毕业，想找海外QS前50的高校读博后求推荐
已经有3人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有137人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有37人回复
-
27年电池/材料类博士申请
已经有2人回复
-
2027年博士申请或转博科研助理 求推荐
已经有1人回复
-
氯化钠与有机磺酸分离
已经有1人回复
-
瑞典-博后-固态电池-粘结剂-锂离子电池方向
已经有53人回复
-
广东省面上有什么动态么，啥时候公布呀？
已经有1人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用高斯寻找过渡态的问题
已经有8人回复
- 虚频 是怎么回事？
已经有7人回复
- 高斯09寻找过渡态，急需帮助，十分感谢
已经有6人回复
- gaussview原子标号的问题
已经有3人回复
- 关于高斯计算的力常数
已经有5人回复
- 【讨论】直接进行频率计算有意义吗？
已经有9人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
gmy1990: 金币+2 2014-05-27 01:04:00
lujunyan1118: 金币+300, ★★★★★最佳答案 2014-05-28 17:58:00
gmy1990: 金币+2 2014-05-27 01:04:00
lujunyan1118: 金币+300, ★★★★★最佳答案 2014-05-28 17:58:00
|
低层设得太大了，尤其是算频率，这极其困难。频率是极其耗时也是相当耗内存的。 高层也偏大，只需要把关键性的原子包含就够了，而低层把外面与之相接的一层残基包含进去也就够了，不要把整个蛋白都当成低层。 |
5楼2014-05-26 11:37:37
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1306.9
- 帖子: 73
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 871655
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2014-05-23 16:23:48
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-05-26 09:37:47
lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-05-26 09:37:47
lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
|
一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型； 不知道你的计算命令具体设置，如果用dft/AMBER肯定算不了，计算量过大。 可以参考纽约大学Yingkai Zhang，他们组做地比较有心得 |
3楼2014-05-24 11:31:19
lujunyan1118
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1306.9
- 帖子: 73
- 在线: 20.4小时
- 虫号: 871655
- 注册: 2009-10-14
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2014-05-26 09:11:05
投票:
30