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lujunyan1118金虫 (小有名气)
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[求助]
用高斯QM/MM算频率和QST3 已有2人参与
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各位大虾，小弟有个问题。 我想用高斯的QM/MM算一个反应，高层大约100个原子，低层约500个残基。 高层用B3LYP/6-31G*。 我优化了反应物和产物，并猜测了一个过渡态，想用QST3找过渡态。但是算的时候总是说内存不够，需要3506MW。可电脑没这么多内存。为何QST3要如此之大的内存？我减少低层的残基有效吗？ 另外，用QM/MM算频率的时候也经常说内存不够，但是只用QM时不会出现这个问题。 是不是QM/MM的时候，低层的频率也计算了呢？能否让高斯只计算高层的频率？ 谢谢各位！  |
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sobereva
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【答案】应助回帖
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gmy1990: 金币+2 2014-05-27 01:04:00
lujunyan1118: 金币+300, ★★★★★最佳答案 2014-05-28 17:58:00
gmy1990: 金币+2 2014-05-27 01:04:00
lujunyan1118: 金币+300, ★★★★★最佳答案 2014-05-28 17:58:00
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低层设得太大了，尤其是算频率，这极其困难。频率是极其耗时也是相当耗内存的。 高层也偏大，只需要把关键性的原子包含就够了，而低层把外面与之相接的一层残基包含进去也就够了，不要把整个蛋白都当成低层。 |
5楼2014-05-26 11:37:37
lujunyan1118
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2楼2014-05-23 16:23:48
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-05-26 09:37:47
lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
感谢参与，应助指数 +1
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lujunyan1118: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-05-28 17:57:51
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一般也就用QM/MM算大分子体系核心体系构型； 不知道你的计算命令具体设置，如果用dft/AMBER肯定算不了，计算量过大。 可以参考纽约大学Yingkai Zhang，他们组做地比较有心得 |
3楼2014-05-24 11:31:19
lujunyan1118
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