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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求解析hzo基因，amoA基因
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zengxianlei

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求解析hzo基因，amoA基因 已有2人参与

我刚做厌氧氨氧化菌菌落多样性的研究，在查看文献中发现有人通过hzo基因来做的，也有人通过amoZ基因来做的，我们实验室偏向于通过16SrDNA来做。哪路高水能帮我比较一下这三种方案的优劣？
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1楼 2014-05-22 09:54:33
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2014-05-22 23:18:54
zengxianlei: 金币+2, ★有帮助 2014-05-23 09:31:09
16S得到的是群落结构，两个还原酶基因得到的是功能结构，意义不同！

建议都做！实际上，现在肯定是都要求做的。
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致良知
2楼2014-05-22 22:20:57
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
主流是AMO基因，A就是古菌？你只做古菌么~
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3楼2014-05-22 23:56:51
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zengxianlei

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-05-22 22:20:57
16S得到的是群落结构，两个还原酶基因得到的是功能结构，意义不同！

建议都做！实际上，现在肯定是都要求做的。

我的目的是分析微生物的多样性。不管是做功能基因还是做16S也都是分析其多样性。目的一样方法不一样，因此有没有方法上的优劣选择？不明白楼上所说'意义不同'。求解？
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4楼2014-05-23 09:29:34
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zengxianlei

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-22 23:56:51
主流是AMO基因，A就是古菌？你只做古菌么~

不是做古菌，我是查文献看到有人做这个基因，不是很了解
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5楼2014-05-23 09:37:04
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
5楼: Originally posted by zengxianlei at 2014-05-23 09:37:04
不是做古菌，我是查文献看到有人做这个基因，不是很了解...

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6楼2014-05-23 11:38:51
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zengxianlei: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2014-05-26 19:07:13
引用回帖:
4楼: Originally posted by zengxianlei at 2014-05-23 09:29:34
我的目的是分析微生物的多样性。不管是做功能基因还是做16S也都是分析其多样性。目的一样方法不一样，因此有没有方法上的优劣选择？不明白楼上所说'意义不同'。求解？...

采用16S rDNA作为探针，得到的是微生物的种类组成，我们称之为群落结构。

采用amoA（AOA/AOB）和hzo,得到的序列是这两个酶的编码基因的一部分，反应的是代谢途径的多样性，我们称之为功能多样性。

一般情况下，我们需要将群落结构即微生物多样性与功能多样性进行比较分析，因为，存在这样的可能，即群落结构相似，但是代谢途径不同，或者活跃的代谢途径不同。

主流一点儿的技术，你应该做amoA和hzo在环境中的rna的丰度和组成分析，得到活跃的功能基因组成与丰度，从而实现对不同环境样品或者不同环境处理过程中，amoA及hzo的活跃程度和响应特征。
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zengxianlei
致良知
7楼2014-05-23 16:30:24
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-22 23:56:51
主流是AMO基因，A就是古菌？你只做古菌么~

版主，这个不对，amo是ofammonia monooxygenase 。
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致良知
8楼2014-05-23 16:32:09
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
引用回帖:
8楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-05-23 16:32:09
版主，这个不对，amo是ofammonia monooxygenase 。...

额，我错了~~表示无知了，谢谢提醒~╮(╯▽╰)╭。。。
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9楼2014-05-23 16:33:54
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by dllchina at 2014-05-23 16:33:54
额，我错了~~表示无知了，谢谢提醒~╮(╯▽╰)╭。。。...

呵呵，其实我也不懂！
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致良知
10楼2014-05-23 16:36:06
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