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樱花有泪

银虫 (小有名气)

[求助] 求助各位虫虫,有没有人知道如何从蛋白质氨基酸序列来推测基因序列的研究手段 已有5人参与

RT,通过分离得到的蛋白,如何能得到编码其的基因序列?PS,该物种全基因组已经测序。
各位虫虫不吝赐教!!!!!!!!!!!
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Titanic416

银虫 (知名作家)

北京方便面真方便

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+3, BioEPI+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:49:00
建议楼主BLAST,将蛋白质的氨基酸序列,直接转换成对应的可能的核酸序列。在NCBI网站就可以。或者百度Blast,有详细的操作方法。另外,,你那个不是基因序列已经都测定了吗?用个翻译软件,翻译一下,将所得的氨基酸序列与你的序列比对下就可以了吧。希望可以帮到你。

[ 发自小木虫客户端 ]
阳光总在风雨后,请相信有彩虹!
2楼2014-05-20 18:35:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
去NCBI用tblastn, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome, 可以选择你所用的species来限定结果
3楼2014-05-20 19:38:18
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樱花有泪

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2014-05-20 19:38:18
去NCBI用tblastn, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome, 可以选择你所用的species来限定结果

首先非常感谢你的回答,然后我想请教一下,N端测序测序能够像核酸测序一样,知晓每条多肽链的氨基酸组成,然后,tblastn的准确性又有多高?
4楼2014-05-25 20:13:45
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:47:51
1. 分离得到的蛋白如果不知道其序列,需要先测定起序列
2. 把你的蛋白进行Blast,获得其他物种的同源蛋白,并对这些蛋白进行比对
3. 找出蛋白的进化保守序列,设计兼并引物
4. 运用兼并引物在你的物种中扩增其编码基因序列
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2014-05-25 23:11:33
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6楼2014-05-25 23:35:06
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wangzhb2009

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

7楼2014-05-26 00:23:32
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
4楼: Originally posted by 樱花有泪 at 2014-05-25 20:13:45
首先非常感谢你的回答,然后我想请教一下,N端测序测序能够像核酸测序一样,知晓每条多肽链的氨基酸组成,然后,tblastn的准确性又有多高?...

tblastn的准确度和其他BLAST程序是一样的。
不懂你说的“N端测序测序”,我就知道通过质谱可以做de novo,但是这个准确度不是太高,比如无法区分I和L
8楼2014-05-26 04:48:07
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
silicare: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:49:14
请参阅Cui et al. MOLECULAR REPRODUCTION AND DEVELOPMENT 71:19–28 (2005)。是你想要的!!
9楼2014-05-26 06:53:29
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