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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » 求助各位虫虫，有没有人知道如何从蛋白质氨基酸序列来推测基因序列的研究手段
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樱花有泪

银虫 (小有名气)

[求助] 求助各位虫虫，有没有人知道如何从蛋白质氨基酸序列来推测基因序列的研究手段 已有5人参与

RT，通过分离得到的蛋白，如何能得到编码其的基因序列？PS，该物种全基因组已经测序。
各位虫虫不吝赐教！！！！！！！！！！！
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1楼 2014-05-20 18:26:45
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Titanic416

银虫 (知名作家)

北京方便面真方便

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+3, BioEPI+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:49:00
建议楼主BLAST，将蛋白质的氨基酸序列，直接转换成对应的可能的核酸序列。在NCBI网站就可以。或者百度Blast，有详细的操作方法。另外，，你那个不是基因序列已经都测定了吗？用个翻译软件，翻译一下，将所得的氨基酸序列与你的序列比对下就可以了吧。希望可以帮到你。

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阳光总在风雨后，请相信有彩虹！
2楼2014-05-20 18:35:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
去NCBI用tblastn， http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome， 可以选择你所用的species来限定结果
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3楼2014-05-20 19:38:18
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樱花有泪

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2014-05-20 19:38:18
去NCBI用tblastn， http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome， 可以选择你所用的species来限定结果

首先非常感谢你的回答，然后我想请教一下，N端测序测序能够像核酸测序一样，知晓每条多肽链的氨基酸组成，然后，tblastn的准确性又有多高？
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4楼2014-05-25 20:13:45
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+5, BioEPI+1, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:47:51
1. 分离得到的蛋白如果不知道其序列，需要先测定起序列
2. 把你的蛋白进行Blast，获得其他物种的同源蛋白，并对这些蛋白进行比对
3. 找出蛋白的进化保守序列，设计兼并引物
4. 运用兼并引物在你的物种中扩增其编码基因序列
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2014-05-25 23:11:33
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kinple
6楼2014-05-25 23:35:06
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wangzhb2009

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
7楼2014-05-26 00:23:32
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by 樱花有泪 at 2014-05-25 20:13:45
首先非常感谢你的回答，然后我想请教一下，N端测序测序能够像核酸测序一样，知晓每条多肽链的氨基酸组成，然后，tblastn的准确性又有多高？...

tblastn的准确度和其他BLAST程序是一样的。
不懂你说的“N端测序测序”，我就知道通过质谱可以做de novo，但是这个准确度不是太高，比如无法区分I和L
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8楼2014-05-26 04:48:07
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
silicare: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢参与 2014-06-11 10:49:14
请参阅Cui et al. MOLECULAR REPRODUCTION AND DEVELOPMENT 71:19–28 (2005)。是你想要的！！
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9楼2014-05-26 06:53:29
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