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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 石墨烯的σ键与π键是用哪些轨道合成的呢？？？
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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20楼: Originally posted by 甲斐之虎 at 2014-05-20 19:16:41
前辈，记得您以前貌似跟晚生说过您不是搞第一性的，但是您的回答真够专业！
“这样σ和π应该是正交的”，这句话我感觉相当重要，晚生也处于半理解与不理解之间，请您详细指导一下…
确实如果您所想，晚生 ...

因为我没做过这样的PDOS，从你的意思来看，你只能够得到s、px、py、pz，然后你根据你的想法认为σ=s+px+py以及π=pz进行合成再绘图，是么？但是无论怎么调整都不能复现文献中的图，只有σ=s以及π=px+py+pz才满足，是么？应该不是直接投影在分子轨道上的吧？

我的观点和你一样，sp2在xy平面上，pz应该与其完全垂直，两者的成分没有重叠。如果按照文中那样，不符合sp2的情况。我认为这样的话如果文献中的图是s和p的分波投影，才能够解释的通这个问题。
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21楼2014-05-20 20:07:51
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-20 20:07:51
因为我没做过这样的PDOS，从你的意思来看，你只能够得到s、px、py、pz，然后你根据你的想法认为σ=s+px+py以及π=pz进行合成再绘图，是么？但是无论怎么调整都不能复现文献中的图，只有σ=s以及π=px+py+pz才满足， ...

前辈，前面如您理解。
后面您说的，文献中的图是s和p的分波投影，貌似如此，文献好歹是个JAP，应该可信度还比较高，但是为什么说p是π轨道呢，实在是很难理解
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别人笑我太疯颠，我笑他人看不穿。不见五陵豪杰墓，无花无酒锄作田。
22楼2014-05-20 20:36:16
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
22楼: Originally posted by 甲斐之虎 at 2014-05-20 20:36:16
前辈，前面如您理解。
后面您说的，文献中的图是s和p的分波投影，貌似如此，文献好歹是个JAP，应该可信度还比较高，但是为什么说p是π轨道呢，实在是很难理解...

我算不上啥前辈，菜鸟一只，要不然就写个程序直接分析了。

虽然杂化轨道理论用在这个地方很恰当可靠，目前我也没直接的定量证据。本来想用Gaussian看看NAO的结果，但是周期体系似乎不支持，我再看看其他程序有没有办法能够定量分析的。
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23楼2014-05-20 20:42:54
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-20 20:42:54
我算不上啥前辈，菜鸟一只，要不然就写个程序直接分析了。

虽然杂化轨道理论用在这个地方很恰当可靠，目前我也没直接的定量证据。本来想用Gaussian看看NAO的结果，但是周期体系似乎不支持，我再看看其他程序有没 ...

多谢大侠！
我再琢磨琢磨 复现一下文献的结果，有结果告诉您……
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24楼2014-05-20 21:02:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
24楼: Originally posted by 甲斐之虎 at 2014-05-20 21:02:56
多谢大侠！
我再琢磨琢磨 复现一下文献的结果，有结果告诉您……...

没啥好复现的，我直接做出来（不分xyz）的PDOS的s和他sigma一样，p（=px+py+pz）和他π一样。
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25楼2014-05-20 21:07:17
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-20 21:07:17
没啥好复现的，我直接做出来（不分xyz）的PDOS的s和他sigma一样，p（=px+py+pz）和他π一样。...

这么说就是：
s是sigma
p是π了……
太诡异了，和想象的完全不一样……
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26楼2014-05-21 09:01:07
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
甲斐之虎: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-21 10:10:25
按照道理来说，pdos是看不出pi还是sigma键的。
看图感觉作者把所有的s组分当成sigma键，所有的p组分当成pi键。这个一般来说是不对的，但是具体情况要具体分析了。
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27楼2014-05-21 09:25:03
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甲斐之虎

银虫 (正式写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by dxcharlary at 2014-05-21 09:25:03
按照道理来说，pdos是看不出pi还是sigma键的。
看图感觉作者把所有的s组分当成sigma键，所有的p组分当成pi键。这个一般来说是不对的，但是具体情况要具体分析了。

感谢前辈回帖，为什么说“pdos是看不出pi还是sigma键的”？请您指教
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28楼2014-05-21 10:10:21
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
26楼: Originally posted by 甲斐之虎 at 2014-05-21 09:01:07
这么说就是：
s是sigma
p是π了……
太诡异了，和想象的完全不一样……...

楼上说得对，光看图其实看不出什么。不过你重复它的结果是这样，我用不一样的程序的到的也是这样（我只能做s和p的分波，s分波和sigma正好一样而p和π正好一样），目前手头上也没有能做进一步分析的工具。看到GPAW好像可以做MO的投影，有时间我试试看。一般我对文献里的东西持保留态度。
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甲斐之虎
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
29楼2014-05-21 11:08:03
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
28楼: Originally posted by 甲斐之虎 at 2014-05-21 10:10:21
感谢前辈回帖，为什么说“pdos是看不出pi还是sigma键的”？请您指教...

pdos是投影到某个原子上的，也就是说pdos反应的是单原子组态，也就是s电子，p电子之类的。本质上来说和成键没有关系。而且大多数情况下，晶体里面也不都是单纯的sigma，pi这种双中心键，
不过在石墨和其他碳体系里面，有时候会把p电子轨道尤其是穿过费米面的p电子轨道当做是pi轨道，但是个人觉着这个时候应该小心，因为如果不严谨的话，很容易弄错。但是好像很多文章现在都那么说，好像也没啥问题。
另外楼主提到的px，py，pz的问题是这样，vasp给出的px，py，pz是实际上你给的基矢的x,y,z，和化学里面经过坐标变换，对角化之后的px,py,pz不是一回事。实际上一个三维晶体里面也几乎不可能找到一个本征的px,py,pz。当然完美石墨烯的pz还是可以找到的,因为他是个二维结构，有严格的法线方向。但是如果有人为或者外界强加的扭曲的话，就没办法找到了。这个没必要深究。
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甲斐之虎
30楼2014-05-21 11:10:13
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