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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何确定mRNA的非编码区
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 如何确定mRNA的非编码区 已有1人参与

RACE后测序、拼接、获得全长；获得的序列在NCBI比对确定为目标基因。
测序得到了几条序列，其3’端均有a尾，但a尾后序列不同；通过DNAstar能基本确定其ORF和cDNA序列。
问题是：若要以DNA为模板，扩增目标基因全长（包括5‘/3’ -UTR和CDS），根据已获得的mRNA序列如何设计引物？
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日拱一卒，功不唐捐
1楼 2014-05-18 10:03:12
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 怎么都行 at 2014-05-18 14:55:18
至于5‘、3’-UTR，测出CDS序列后再反向PCR找两端

谢谢！在此请教：RACE扩增获得的cdna序列会得到很多个ORF，但怎么确定哪个是基因的cds？
我将dna翻译成aa，到终止符号位置，看翻译的哪段序列最大，再blast比对。但对于aa序列大小接近的，如何确定cds？非翻译区？
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日拱一卒，功不唐捐
4楼2014-05-18 16:08:46
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-05-18 17:11:32
若要以gDNA为模板，在不知道内含子在何处的情况下，我以前的做法就是把基因编码区的头（起始密码子开始）和尾（终止密码子开始）分别作为上下游引物的结合位点，因为这两个位置肯定是外显子的一部分，呵呵
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2楼2014-05-18 14:52:42
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
Crescendo: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-18 16:09:09
至于5‘、3’-UTR，测出CDS序列后再反向PCR找两端
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3楼2014-05-18 14:55:18
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龙城112

金虫 (小有名气)

112
引用回帖:
3楼: Originally posted by 怎么都行 at 2014-05-18 14:55:18
至于5‘、3’-UTR，测出CDS序列后再反向PCR找两端

请问 cDNA的反向PCR怎么做？谢谢
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自生自灭
5楼2016-05-08 20:48:51
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