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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 蛋白晶体结构疑问。
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普队大四喜

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白晶体结构疑问。 已有2人参与

从pdb网站上下载的蛋白晶体结构，有些蛋白是四聚体结构，每个亚基的结构都一样（有时候每个亚基会有少数几个氨基酸的差别），这样是说明这个蛋白在行使功能的时候是以四聚体的形式存在的？我们做分子对接的时候也需要用四聚体的结构进行？
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1楼 2014-05-17 11:42:46
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普队大四喜

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by younghe at 2014-05-17 14:45:53
一般可能是一个晶胞里面packing有四个分子，你看看那个晶胞参数吧，具体是几聚体功能要看文献的功能实验，个人觉得模拟单个分子就就可以了，除非是dimmer有function

还要请教一下，有没有那种情况，行使功能的蛋白是二聚体，蛋白的活性位点在两个亚基之间，而不是在单个亚基的内部。
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3楼2014-05-18 14:22:45
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younghe

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
普队大四喜: 金币+1, ★有帮助 2014-05-19 21:36:07
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:57:01
一般可能是一个晶胞里面packing有四个分子，你看看那个晶胞参数吧，具体是几聚体功能要看文献的功能实验，个人觉得模拟单个分子就就可以了，除非是dimmer有function
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2楼2014-05-17 14:45:53
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
普队大四喜: 金币+1, ★有帮助 2014-05-19 21:36:42
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:57:06
的确有这样的蛋白…甚至不同蛋白的作用界面形成酶活性中心

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-05-19 05:53:22
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普队大四喜

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xuxm03 at 2014-05-19 05:53:22
的确有这样的蛋白…甚至不同蛋白的作用界面形成酶活性中心

这样的蛋白文献报道会多吗，能不能提供一个例子啊。谢谢。
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5楼2014-05-19 10:23:18
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