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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中运行倾侧晶界是出现原子减少的现象是什么原因?
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Saraing

铁虫 (初入文坛)

[求助] lammps中运行倾侧晶界是出现原子减少的现象是什么原因? 已有1人参与

https://icme.hpc.msstate.edu/mediawiki/index.php/LAMMPS_Help3我使用的是该网页上的Al倾侧晶界里所给的程序进行模拟，但是没有做完就出现了错误：
图中是我运行后得到的文件出来的结果，其中红色标注的为丢失的那个原子位置，在上述网页里，该处是含有原子的？此前也运行过多种这种类型的例子，
都是出现这种错误而暂停计算，求助大师们指导！！

lammps中运行倾侧晶界是出现原子减少的现象是什么原因?
捕获.PNG
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1楼 2014-05-13 20:56:56
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pandafit

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
Saraing: 金币+2, ★有帮助, 是有这个原因的， 2014-05-19 14:19:01
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:09:57
是不是距离太近，小于这个脚本设的半径。
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2楼2014-05-16 23:42:35
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Saraing

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pandafit at 2014-05-16 23:42:35
是不是距离太近，小于这个脚本设的半径。

这个原因是因电脑不同才会产生的么？因为这个程序是没有错误的，例子上也给出了所得到的log文件，请问是怎么修改呢？是修改程序？还是修改系统？
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3楼2014-05-19 14:20:20
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pandafit

银虫 (初入文坛)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:10:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by Saraing at 2014-05-19 14:20:20
这个原因是因电脑不同才会产生的么？因为这个程序是没有错误的，例子上也给出了所得到的log文件，请问是怎么修改呢？是修改程序？还是修改系统？...

应该不是电脑的问题。你按他的程序找到能量最小的结构了？
你看看log，原子是不是因为小于程序设的截断半径的判据删掉了。
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Saraing
4楼2014-05-19 21:27:33
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Saraing

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
内容已删除
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5楼2014-05-20 13:10:43
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