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zhangyanfangyes铜虫 (小有名气)
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候选抗病ESTblastx后，怎么知道是否含有抗病基因保守结构域NBS、LRR之类？ 已有1人参与
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研究目的：拟通过数据库检索法获得抗病基因同源序列 我的操作如下： 1 将抗病基因的全长蛋白序列在某植物EST中检索，得到侯选的抗病基因同源EST； 2 将这些EST进行blastx，拟证实其抗病功能。 问题： 1 我将EST序列的fasta格式输入blastx后，blast后怎么看出这个EST序列是否具有抗病基因保守结构域？ 2 怎么知道这个EST序列与哪些抗病基因具有同源性？ |
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4楼2014-05-11 22:56:28
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2楼2014-05-11 06:34:03
zhangyanfangyes
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以下是我参考文献里面的内容，我就是参考这个操作的： 本文利用单个全长蛋白序列进行检索的方法对大豆基因组抗病基因进行预测。用查到的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank数据库中对大豆EST进行tblastn检索，得到具备Score≥100和E值≤10-10的EST 2620条作为侯选的抗病基因同源ESTs（R-gene-like ESTs），利用软件进行拼接，拼接后得到的unigene在GenBank数据库中通过blastx来验证其可能的抗病性（R-gene-like functions）。 我现在也做了blastx。 想知道我获得的候选EST是不是具有抗病功能，是否是抗病基因同源序列（RGA）。哪些RGA是具有NBS保守结构域的，哪些是具有PK保守结构域的。 |
3楼2014-05-11 09:37:26
zhangyanfangyes
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5楼2014-05-12 09:17:15
