| 查看: 2202 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
zhangyanfangyes铜虫 (小有名气)
|
[求助]
候选抗病ESTblastx后，怎么知道是否含有抗病基因保守结构域NBS、LRR之类？ 已有1人参与
|
|
|
研究目的：拟通过数据库检索法获得抗病基因同源序列 我的操作如下： 1 将抗病基因的全长蛋白序列在某植物EST中检索，得到侯选的抗病基因同源EST； 2 将这些EST进行blastx，拟证实其抗病功能。 问题： 1 我将EST序列的fasta格式输入blastx后，blast后怎么看出这个EST序列是否具有抗病基因保守结构域？ 2 怎么知道这个EST序列与哪些抗病基因具有同源性？ |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有151人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 4
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24644.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
4楼2014-05-11 22:56:28
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- MolEPI: 4
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24644.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
2楼2014-05-11 06:34:03
zhangyanfangyes
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1206.7
- 散金: 24
- 红花: 3
- 帖子: 237
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 261469
- 注册: 2006-06-24
- 专业: 果树学
|
以下是我参考文献里面的内容，我就是参考这个操作的： 本文利用单个全长蛋白序列进行检索的方法对大豆基因组抗病基因进行预测。用查到的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank数据库中对大豆EST进行tblastn检索，得到具备Score≥100和E值≤10-10的EST 2620条作为侯选的抗病基因同源ESTs（R-gene-like ESTs），利用软件进行拼接，拼接后得到的unigene在GenBank数据库中通过blastx来验证其可能的抗病性（R-gene-like functions）。 我现在也做了blastx。 想知道我获得的候选EST是不是具有抗病功能，是否是抗病基因同源序列（RGA）。哪些RGA是具有NBS保守结构域的，哪些是具有PK保守结构域的。 |
3楼2014-05-11 09:37:26
zhangyanfangyes
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1206.7
- 散金: 24
- 红花: 3
- 帖子: 237
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 261469
- 注册: 2006-06-24
- 专业: 果树学
5楼2014-05-12 09:17:15
