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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 候选抗病ESTblastx后，怎么知道是否含有抗病基因保守结构域NBS、LRR之类？
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zhangyanfangyes

铜虫 (小有名气)

[求助] 候选抗病ESTblastx后，怎么知道是否含有抗病基因保守结构域NBS、LRR之类？ 已有1人参与

研究目的：拟通过数据库检索法获得抗病基因同源序列
我的操作如下：
1 将抗病基因的全长蛋白序列在某植物EST中检索，得到侯选的抗病基因同源EST；
2 将这些EST进行blastx，拟证实其抗病功能。
问题：
1 我将EST序列的fasta格式输入blastx后，blast后怎么看出这个EST序列是否具有抗病基因保守结构域？
2 怎么知道这个EST序列与哪些抗病基因具有同源性？
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1楼 2014-05-10 15:51:54
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-11 08:56:09
zhangyanfangyes: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-11 09:33:37
你做了BLASTX没有？
保守结构域是要得到蛋白质序列后去interpro等数据库里查的。
相似性高的，就有同源性啊，不明白你的意思
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2楼2014-05-11 06:34:03
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zhangyanfangyes

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2014-05-11 06:34:03
你做了BLASTX没有？
保守结构域是要得到蛋白质序列后去interpro等数据库里查的。
相似性高的，就有同源性啊，不明白你的意思

以下是我参考文献里面的内容，我就是参考这个操作的：
本文利用单个全长蛋白序列进行检索的方法对大豆基因组抗病基因进行预测。用查到的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank数据库中对大豆EST进行tblastn检索，得到具备Score≥100和E值≤10-10的EST 2620条作为侯选的抗病基因同源ESTs（R-gene-like ESTs），利用软件进行拼接，拼接后得到的unigene在GenBank数据库中通过blastx来验证其可能的抗病性（R-gene-like functions）。

我现在也做了blastx。
想知道我获得的候选EST是不是具有抗病功能，是否是抗病基因同源序列（RGA）。哪些RGA是具有NBS保守结构域的，哪些是具有PK保守结构域的。
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3楼2014-05-11 09:37:26
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
blastx的结果是蛋白序列，你可以按照分数和evalue值来选取可能的多条同源蛋白，建立alignment，看保守区域
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4楼2014-05-11 22:56:28
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zhangyanfangyes

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2014-05-11 22:56:28
blastx的结果是蛋白序列，你可以按照分数和evalue值来选取可能的多条同源蛋白，建立alignment，看保守区域

再问个问题：要是物种已经测序了，我直接用resistance gene或者NBS等关键词在测序数据库里面搜索，可以直接得到抗病同源序列吗？
若可行的话，这两种方法得到的抗病同源序列差异大不大？
刚接触生物信息学，很多不懂的，请教了
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5楼2014-05-12 09:17:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangyanfangyes at 2014-05-12 09:17:15
再问个问题：要是物种已经测序了，我直接用resistance gene或者NBS等关键词在测序数据库里面搜索，可以直接得到抗病同源序列吗？
若可行的话，这两种方法得到的抗病同源序列差异大不大？
刚接触生物信息学，很多 ...

这个要具体分析的，你有可能得到很好的结果，也有可能不行。看运气了，NCBI里也有可能有很多错误的序列。swissprot受欢迎因为它是手工确认的。
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6楼2014-05-13 07:49:47
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huanghy346

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangyanfangyes at 2014-05-11 09:37:26
以下是我参考文献里面的内容，我就是参考这个操作的：
本文利用单个全长蛋白序列进行检索的方法对大豆基因组抗病基因进行预测。用查到的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank数据库中对大豆EST进行tblastn检索， ...

你好，请问，怎么样从转录组测序结果中找出抗病基因呢？
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7楼2014-06-23 09:17:41
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growlywolf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by huanghy346 at 2014-06-23 09:17:41
你好，请问，怎么样从转录组测序结果中找出抗病基因呢？...

首先组装测序结果，然后使用blastx，interproscan等工具搜索已知数据库，看是否含有植物抗病基因特有的NBS、LRR结构域。
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8楼2014-06-24 09:01:55
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huanghy346

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by growlywolf at 2014-06-24 09:01:55
首先组装测序结果，然后使用blastx，interproscan等工具搜索已知数据库，看是否含有植物抗病基因特有的NBS、LRR结构域。...

谢谢你。
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9楼2014-07-09 10:03:34
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