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321wangke321金虫 (正式写手)
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[交流]
有没有虫友做过转录组和代谢组的关联分析的？
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| 委托公司做的转录组的结果出来的，准备将一些代谢产物测一下，想将代谢产物和转录组的结果进行关联分析，但是不知从何下手，请高人指点！！！ |
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wizardfan
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2楼2014-05-10 06:39:04
321wangke321
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5楼2014-05-15 10:00:04
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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可以尝试下面的数据分析处理程序： ProMeTra https://prometra.cebitec.uni-bie ... .cgi?login=prometra 参考文献： Visualizing post genomics data-sets on customized pathway maps by ProMeTra – aeration-dependent gene expression and metabolism of Corynebacterium glutamicum as an example http://www.biomedcentral.com/1752-0509/3/82 IMPaLA http://impala.molgen.mpg.de/ 参考文献： Integrated pathway-level analysis of transcriptomics and metabolomics data with IMPaLA http://www.biomedcentral.com/1471-2407/10/628 Paintomics http://www.paintomics.org/cgi-bin/main2.cgi 参考文献： Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3008637/ 以 transcriptomics 和 metabolomics为关键词，可以检索到不少文献的呢，比如： Integration of transcriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana http://www.pnas.org/content/101/27/10205.full Integration of Metabolomics and Transcriptomics Revealed a Fatty Acid Network Exerting Growth Inhibitory Effects in Human Pancreatic Cancer http://clincancerres.aacrjournals.org/content/19/18/4983.short Merging transcriptomics and metabolomics - advances in breast cancer profiling http://www.biomedcentral.com/1471-2407/10/628 Integration of untargeted metabolomics with transcriptomics reveals active metabolic pathways http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11306-014-0713-3 Integrative Analysis of Metabolomics and Transcriptomics Data: A Unified Model Framework to Identify Underlying System Pathways http://journals.plos.org/plosone ... ournal.pone.0072116 Integrative Analysis of Transcriptomics, Proteomics, and Metabolomics Data of White Adipose and Liver Tissue of High-Fat Diet and Rosiglitazone-Treated Insulin-Resistant Mice Identified Pathway Alterations and Molecular Hubs http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/pr5005828 |
6楼2015-03-02 19:08:28
胖虎
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9楼2021-03-21 15:57:29