| 查看: 5369 | 回复: 11 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
细菌16S测序 诡异的现象 已有4人参与
|
||
|
最近在做一株红杆菌科细菌的鉴定工作,经过五六次平板纯化肉眼观测基本确定为纯菌,三次用细菌通用引物（27F、1492R）PCR扩增酚氯仿法提取的全基因组,电泳条带单一且很亮，长度1500bp左右。之后把PCR产物送去公司测序（前后送了两个不同的公司，应该不是公司测序的问题），27F测序结果很好（700bp左右）峰图单一且与最相似菌株相似度为100%，但1492R三次测序反馈结果都显示为杂合（峰图显示从开始出峰到最后结束全是套峰，且峰信号不强），不解这究竟是个什么原因？ 自己猜测可能的原因有： 1.由于1492R引物正好在16S的V9高变区，我这株菌的16S正好又在这一区的序列跟别的菌不一样，导致了引物测序时与模板的结合问题。（想想也不对，如果是这样自己实验室PCR就用的1492R，又结合问题很难P出来才对，可我自己P的结果又很亮） 2.本身这株菌的基因组中有几个不同的16S拷贝，且在1492R所P的后半段的序列有差异，导致了后半段测序结果的杂合（自己又想想如果是种情况也不应该1492R的测序结果从出峰就杂合到一直结束吧，应该是中间的某一段出现这种杂合情况才对吧？）——现在自己觉得这种可能性最大。 3.细菌本身不纯，几种细菌相互污染（我觉得这种情况可能性最小，因为一：肉眼观测是一种纯菌，二：27F测序结果为单峰，如果是杂菌27F也应该杂合才对） 以上都是我的猜测，请各位大虾给点自己的意见吧！小弟在此谢过！ P.S.我现在要做的是不是做个大肠杆菌克隆然后再用载体上的序列设计引物来测序比较靠谱呢？但是这么做的前提是能确定菌体本身为纯菌，导致我出现问题的原因是这株菌基因组中有几个不同的16S拷贝；那如果细菌本身就不纯做克隆也不是解决的方法，所以我就捉急了，怎么确定到底是什么原因导致我出现这个问题呢，请各位给出出主意吧？ |
回复此楼» 猜你喜欢
梦想
已经有7人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
面上合作单位盖章
已经有8人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于16s RNA测序
已经有3人回复
- 求助，16S rDNA测定了i两株菌的序列，大神们可以帮我分析下么？谢谢~！
已经有14人回复
- 测序结果与NCBI有差别，求解释！
已经有7人回复
- 对细菌进行测序时，测的是16S rDNA还是16S rRNA
已经有25人回复
- 谁帮我看看16s测序峰图？
已经有4人回复
- 细菌基因组中为什么会有多个16srDNA片段？
已经有11人回复
- 16S测序结果不一样什么原因？
已经有7人回复
- 关于未知菌的16s rDNA序列在ncbi上分析的结果很奇怪
已经有10人回复
- 线粒体测序问题
已经有10人回复
- 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
已经有15人回复
- 求教 放线菌 16S rDNA 比对
已经有4人回复
- 细菌16S的问题
已经有6人回复
- 测序结果去除载体序列
已经有3人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有21人回复
- 土壤总细菌16S PCR-条带不亮的问题
已经有19人回复
- 为什么我的测序送过去公司那边摇菌总是失败？
已经有7人回复
- PCR后测序，blast最高匹配度只有32%
已经有3人回复
- 关于筛选和鉴定细菌(16S rRNA)
已经有35人回复
- 通用引物扩增细菌16S rDNA
已经有13人回复
- 测序结果的疑问
已经有7人回复
- 细菌16s pcr原液测序问题
已经有7人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有3人回复
- 【求助】关于测序后序列对比的问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】454测序价格
已经有7人回复
- 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
已经有6人回复
- 【求助/交流】菌液测序问题
已经有10人回复
6楼2014-04-27 18:40:54
肥猫p
木虫 (正式写手)
- 应助: 94 (初中生)
- 金币: 2753.1
- 散金: 145
- 红花: 10
- 帖子: 341
- 在线: 189.3小时
- 虫号: 1709733
- 注册: 2012-03-22
- 专业: 微生物资源与分类学
2楼2014-04-26 19:50:16
xiangchou812
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 3783.4
- 帖子: 96
- 在线: 66.4小时
- 虫号: 73882
- 注册: 2005-06-10
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
3楼2014-04-26 20:41:02
4楼2014-04-27 02:47:32
20