| 查看: 4269 | 回复: 4 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
[求助]
为什么不同的miRNA编号有相同的成熟序列 已有2人参与
|
|||||
|
UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319b UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319c UUGGACUGAAGGGUGCUCCC zma-miR319d 如上，miRNA编号不同，但是成熟序列完全一样。miRNA的命名原则解释：高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母(a,b,c,…)区分。但是成熟序列完全一样用一个编号不就行了？ 初学者，求指点。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 miRNA测序数据分析 | 分子生物学技术 | ncRNA研究资料 |
» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有179人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 2014年度浙江省自然科学基金拟资助项目清单
已经有14人回复
- 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗
已经有18人回复
- 5‘Race验证miRNA靶点的原理
已经有40人回复
- microRNA21的序列是什么，怎么找
已经有5人回复
- 双顺反子 表达载体的构建——求助！
已经有8人回复
- 针对miRNA的前体MIRNA，如何做反转录呢？
已经有8人回复
- 有关茎环结构DNA的问题
已经有12人回复
- 同一个名字的miRNA在不同物种当中的序列一样么？
已经有5人回复
- 知道miRNA的成熟序列，怎么查找它的前体序列啊？
已经有20人回复
- 如何寻找并下载所有miRNA
已经有5人回复
- 一段序列（不是基因，是非编码RNA）怎么知道都有哪些miRNA可能作用于他呢？
已经有4人回复
- micro ? small ? short ? RNA
已经有6人回复
- 【分享】〖名词解释〗生物化学名词解释
已经有14人回复
- 【求助/交流】从哪个数据库可查询到miRNA序列信息
已经有3人回复
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
青竹雅雨: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-23 13:49:27
感谢参与，应助指数 +1
青竹雅雨: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-23 13:49:27
|
2001年，刚刚独立的Thomas Tuschl首次在果蝇中克隆到了内源siRNA。 这让人不仅联想到了早在1993年V Ambros 在线虫中克隆到的小调控RNA lin4。 Thomas Tuschl的小RNA克隆方法虽然是很早就建立的，但是在小RNA领域的运用取得了惊人的效果。 紧随其后，Thomas Tuschl，他的博后老板David Bartel，以及理论上首次发现内源小RNA的Ambros实验室，还是在2001年，各以一篇Science paper，宣告miRNA时代的到来。 Thomas Tuschl打头的这篇paper中即阐述了miRNA命名的基本规则。 随后，miRNA大量发现，仍然是这三家，在国际RNA协会会刊RNA上，发表了一篇规范miRNA命名的paper： A uniform system for microRNA annotation. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12592000 最开始的miRNA信息由Sanger研究所的一个网站收集，很多老paper还在引这个，随后miBase成立，成为目前最权威的miRNA命名数据库。 这种科学权威出面，人为规定命名的方式为miRNA研究提供了很大方便，这一点从基因命名的历史就可以看出，随便一个什么基因，名字都有一大把，而且还经常一名多用。 最开始的规则是： 1，miRNA，除历史原因，在2001年前即以通过遗传学方式发现并命名的lin，let系统外，均以miR-开头。 2，miRNA的编号分为3级系统。 miR-罗马数字，表示含有相同seed sequence的一个miRNA family 含有相同seed sequence，但是其他序列仍有所不同的，即是一个miRNA family中的成员，用a，b，c，d etc表示 对于mature miRNA序列相同，但是pre-miRNA不同的，即是一个miRNA的isoform，用罗马数字在最后表示，如let-7a-1，let-7a-2，let-7a-3，成熟的miRNA只有let-7a。 这个命名规则随着miRNA研究的发生也发生了一些变化。 最重要的就是二代测序的发展，对miRNA star strand，或者passage strand的理解。 一个pre-miRNA经过Dicer切割之后可以产生两条小RNA，早期的理论认为，其中一条作为mature-miRNA进入RISC，另一条就降解了，标记为*，比如let-7a-1*，注意，let-7a-1，-2，-3都是let-7a前体，但是*序列还是不同，所以表示为let-7a-1*，let-7a-2*，let-7a-3*。 随后发现，很多miRNA曾经认为的*很稳定，也能作为mature miRNA发挥作用。 为了避免*的歧视意味 改称5p和3p 也就是pre-miRNA，靠近5‘的那个，叫5p，靠近3’的那个，叫3p 同样的，如果序列不一样，就在最后加数字， 比如，刚才说的let-7a，3个isoform，可以产生这样的mature-miRNA >hsa-let-7a-5p MIMAT0000062 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU >hsa-let-7a-3p MIMAT0004481 CUAUACAAUCUACUGUCUUUC >hsa-let-7a-2-3p MIMAT0010195 CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC 这里的3p，就是曾经的*，注意，*在5和3p是不一定的。 7a-1和7a-3产生了相同序列的3p，统称let-7a-3p 而7a-2的3p序列有所不同，单称let-7a-2-3p。 |
4楼2014-04-23 09:59:31
2楼2014-04-22 22:38:18
yuehedou
木虫 (小有名气)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 2171.4
- 红花: 2
- 帖子: 215
- 在线: 190.9小时
- 虫号: 1996646
- 注册: 2012-09-12
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2014-04-23 09:24:20
5楼2021-10-09 10:54:37
投票:
30