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0525bbmj

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求PCR条件优化 已有5人参与

PCR之后的电泳图成这个样子 到底是什么地方有问题呀?PCR反应体系25ul  模板6ul  酶0.2ul  上下引物各2.5ul(10um)Mg2+ 2.5ul(20mm)dNTP 5ul (1mm)5*PCR buffer 5ul  PCR反应条件:95℃ 3min、95℃  30s、退火30s、72℃ 30s、72℃ 7min
电泳条件:3%琼脂糖、500bp Maeker

求PCR条件优化
2014.4.11.gif
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lingsheshidu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
从图片看,问题出在制胶/电泳,因为你的Marker跑的效果也不好!
可能原因:(1)电压太大,胶浓度偏高,建议用较低电压跑电泳,5-8V/cm效果应该不会差的。(2)胶浓度过高,如果你的片段在300-500bp,2%胶应该就可以了。(3)胶制的不均匀,从胶上的星星点点可以看出,按楼上朋友所说多熔一会儿,使溶解均匀。此外,PCR体系中确实有些浓度是过量的,10uM引物各加0.5-1uL即可。Mg2+(20mM)加2uL足以。模板量用uL表示其实是不科学的,模板是质粒的话0.1-10 ng足以,当然了,适当多些也没问题,但超过100ng就已经没什么必要了,而且随着模板量再大反而效果可能会更差,模板6uL无法判断是否过量,但是从楼主的风格和电泳图判断,应该也是过量的,重新调整吧,祝顺利!
积累知识,抓紧奋斗!
4楼2014-04-12 23:11:40
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查看全部 9 个回答

冉兆星

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
0525bbmj(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-12 17:16:24
marker跑的不整齐,可能是TE缓冲液有问题,建议更换TE缓冲液。还有就是你为什么做那么高浓度的琼脂糖胶?
2楼2014-04-11 19:33:58
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d00614028

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
0525bbmj(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-04-12 17:16:32
你这个PCR体系中很多东西都过量了,引物10uM的只要加1ul就好,dNTP 20mM的加0.5ul就可以,我不知道你的模板浓度是多少,定个量加50ng吧。
另,琼脂糖凝胶没必要配那么浓的吧,根据你的延伸条件,你的目的片段应该在500-1K左右,配1%的胶就可以了,另外,胶尽量多熔会,配均匀点,你的这个胶均匀性不好。
3楼2014-04-12 08:37:22
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0525bbmj

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 冉兆星 at 2014-04-11 19:33:58
marker跑的不整齐,可能是TE缓冲液有问题,建议更换TE缓冲液。还有就是你为什么做那么高浓度的琼脂糖胶?

我的marker分子量很小 是500的 要求的琼脂糖浓度就比较高 低的浓度跑的也不好
5楼2014-04-13 09:06:06
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