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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » gromacs运行问题
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彬哥

木虫 (小有名气)

[求助] gromacs运行问题 已有2人参与

各位大神，我用一个小程序对膜进行剪切处理后，进行能量最小化时出现下列问题：
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+03
   Number of steps    =       500000
           Step           Time         Lambda
              0        0.00000        0.00000

DD  step 0 load imb.: force 12.9%

           Step           Time         Lambda
              1        1.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              2        2.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              3        3.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              4        4.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              5        5.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              6        6.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              7        7.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              8        8.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
              9        9.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
             10       10.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
             11       11.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
             12       12.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
             13       13.00000        0.00000

           Step           Time         Lambda
             14       14.00000        0.00000


Stepsize too small, or no change in energy.
Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 1000

Double precision normally gives you higher accuracy.

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  =  1.5981487e+19
Maximum force     =            inf on atom 5867
Norm of force     =            inf

这是嘛回事呢，咋解决？
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1楼 2014-04-11 18:42:49
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youngfi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
fegg7502: 金币+1, 应助指数+1, 3ks 2014-05-05 08:23:04
我以前出现这种情况时师兄说修改一下出错分子的坐标，手动调整，但是他也没跟我说怎么调整。后来我自己处理的时候就是将mdp文件中的intergrator方法由steep改成了cg,之后就可以正常输出优化后的gro结构文件了，而且不会出错。
赞一下 回复此楼
事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
8楼2014-04-28 08:19:07
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softmatter

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
彬哥: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-12 23:16:50
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-05 08:22:31
有些原子重叠了。用双精度版本的mdrun跑跑看，能不能把重叠的原子分开。如果实在不行，有一个野蛮的做法就是把gro文件中第5867个原子所在的整个分子删除掉。删掉分子后，记得修改gro文件第二行的总原子数，不然会出错。
赞一下 回复此楼
2楼2014-04-12 15:35:51
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彬哥

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by softmatter at 2014-04-12 15:35:51
有些原子重叠了。用双精度版本的mdrun跑跑看，能不能把重叠的原子分开。如果实在不行，有一个野蛮的做法就是把gro文件中第5867个原子所在的整个分子删除掉。删掉分子后，记得修改gro文件第二行的总原子数，不然会出 ...

用双精度版本的mdrun跑，就是mdrun_mpi 么？第二种方法在平衡时出现问题
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-12 23:16:02
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softmatter

木虫 (正式写手)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-05 08:22:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-04-12 23:16:02
用双精度版本的mdrun跑，就是mdrun_mpi 么？第二种方法在平衡时出现问题...

mdrun_mpi是并行版本的mdrun，双精度的mdrun_mpi需要单独安装。出现什么问题？
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4楼2014-04-12 23:51:27
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