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xjyu

新虫 (小有名气)

[求助] 求助关于xcms处理代谢组数据的问题 已有1人参与

求助于大家呀:
用xcms网络版预处理代谢组GC-MS数据出现问题,显示错误信息No features were found to be dysregulated between the two sample groups. Check if your hard p-value threshold (Statistics/ p-value threshold (significant features)) is too low. 将p值设置成0.2,分析能够完成,但结果中每个代谢物的p值偏高,都有0.1左右,是不是不可信呀?有什么方法能够解决这种问题呢?求解各位大神呀
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wyy080214

实习版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
费姚永芬: 金币+2, 专家考核 2014-04-07 08:52:22
主要是阈值不合适,导致没有积分或者积分不准确,建议提高样品浓度,不然离子纯度不高,匹配会不准的
2楼2014-04-06 12:54:49
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xjyu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wyy080214 at 2014-04-06 12:54:49
主要是阈值不合适,导致没有积分或者积分不准确,建议提高样品浓度,不然离子纯度不高,匹配会不准的

想问下阀值如何设置?我之前参照文献提取约0.1g菌体的代谢物进行分析,能不能通过增加菌体细胞干重,从而提高代谢物浓度而提高样品浓度呢?不过有的代谢物浓度较高,我是新手灰常感谢呀
3楼2014-04-07 15:45:21
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