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pinwei2014铜虫 (初入文坛)
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Vasp相比经典分子动力学的优缺点 已有4人参与
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| 刚接触分子动力学，一直有个疑惑，既然Vasp是基于量子力学的分子动力学模拟，那它是不是完胜了经典的分子动力学？ |
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经典动力学根本不涉及电子，只是分子骨架的运动。原子间的作用分为两种，键力和非键力。前者根据胡克定律（目前可能不少力场也考虑非简谐项，比如x^3项）定义，把分子拆分成键长振动、键角振动、二面角变化导致的能量变化，不同力场中的不同类型的键、不同原子间的键他们的劲度系数都不同，通过一组经验化的值来描述；后者则是拟合LJ曲线，来描述vdW和静电力。所以绝大多数情况不适合描述成键、断键的过程（反应力场除外），严重牵涉到电子效应的时候肯定解决不了问题。 从头算动力学就要分为CP、BO以及其他的动力学，BOMD和上述经典力学大致操作差不多，但是在计算分子的能量时（此时分子内、分子间的作用都是计算的），每一步产生的构型不是通过力场，而是严格的求解K-S方程，每一步都类似计算单点能那样需要进行scf。计算量可想而知，这样成键、断键就可以描述。但是由于DFT的一些特性，弱作用处理起来不是那么好，好的方法代价又太大，对于那些弱作用主导的大体系（蛋白、胰岛素），经典动力学还是很有必要的。 所以，除了计算每个构形的能量处理可能不一样，对于原子核的处理没什么太大不同，所以那些MSD等性质仍然可以计算，然而一些和电子尺度相关的性质，经典动力学就无能为力了。BOMD建议先做单点能测试看看每个构形计算的时间大概多少，MD准备做多少个step（还需检验平衡），大致乘一下就可以估计计算时间及可行性了。 一点个人观点，望其他老前辈批评指正了。。。 |
7楼2014-04-03 09:36:29
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4楼2014-04-02 15:04:55
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