24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 3048  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

豆豆sk8

银虫 (小有名气)

[求助] 含双键二面角,柔性扫描势能曲线,计算到一半就出错(gaussian) 已有1人参与

各位大神,如题:
用gaussian对丁烯醛C-C=C-C二面角进行柔性扫描。之前使用相同的命令对C=C-C=O成功进行了扫描,但是换成这个中间是双键的二面角就老是出错。在我这里是计算到一般出错,在师兄那里是直接就报错,求指点
%chk=C:\g09w\tests\butenal 2(1.15)\3-24 opt=modredundant trans\notstandard\build structure.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-311g(d,p) nosymm scf(maxcycle=300,qc) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C              
H                  1    1.09054186
H                  1    1.09432804    2  107.93359226
H                  1    1.09432776    2  107.93350013    3  115.33687104    0
C                  1    1.50239580    2  111.80729538    4  122.33147321    0
H                  5    1.08929069    1  117.01196721    2   -0.00383048    0
C                  5    1.33840408    1  125.49243777    2  179.99643945    0
C                  7    1.46865845    5  121.10962089    1  179.99971109    0
H                  8    2.18241339    7   26.46832174    5 -179.99972750    0
H                  8    1.11380015    7  114.35094064    5    0.00000000    0
O                  8    1.21028815    7  124.66829891    5  179.99783613    0

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 2.0
6
7 9 1.0 8 1.0
8 10 1.0 11 2.0
9
10
11

D 1 5 7 8 S 90 -4.00000000
回复此楼
Justskate
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+3 2014-04-03 11:15:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by 豆豆sk8 at 2014-04-02 09:32:10
刚才正在补充,结果断网了。。。
还想发个图片上来...
首先我看了一下这几次扫描的最后一个图,有一个C和H键是断开的。不知道是因为没有计算完所以断开了还是因为有断开的键才终止了计算。
另外,错误显示2070, ...

这应该不是方法和基组的问题,换linux也会报错。
l103的错误大多数是来自于分子坐标和结构问题上。
首先你先看下在扫描碳链的时候相应的其他原子是否跟着一起旋转;
然后你要把需要跟着一起动的原子的相对位置固定;
另外可以尝试下改成笛卡尔坐标。
4楼2014-04-02 10:46:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

枪下游魂

木虫 (著名写手)

出错原因是什么?
2楼2014-04-02 09:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

豆豆sk8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-02 09:17:29
出错原因是什么?

刚才正在补充,结果断网了。。。
还想发个图片上来...
首先我看了一下这几次扫描的最后一个图,有一个C和H键是断开的。不知道是因为没有计算完所以断开了还是因为有断开的键才终止了计算。
另外,错误显示2070,最后几句话是:
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Thu Mar 27 22:47:20 2014.
Job cpu time:  0 days  2 hours 42 minutes 26.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     10 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      1
=======================================
现在能想到的方法就是:
1、师姐建议先换个计算方法和基组再算一下;
2、找个linux系统的gaussian计算一下;
========================================
Justskate
3楼2014-04-02 09:32:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

豆豆sk8

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-04-02 10:46:25
这应该不是方法和基组的问题,换linux也会报错。
l103的错误大多数是来自于分子坐标和结构问题上。
首先你先看下在扫描碳链的时候相应的其他原子是否跟着一起旋转;
然后你要把需要跟着一起动的原子的相对位置固 ...

其他原子是跟着转的,比如C -C =CH1-CHO中 H1和CHO就是同时旋转。当时是专门去编译了坐标让它俩同时旋转的,不知道有没有带来影响。是不是用柔性扫描时不需要让他们同时旋转?这么改是因为之前用SCAN扫描的时候俩分子会在旋转180度后重合。
采用了后两条建议,改成了笛卡尔并同时固定了一个键角,不知道能不能安全着陆....

非常感谢,有问题再向您请教~
Justskate
5楼2014-04-02 11:16:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +23 Xxjc1107. 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 18:48 by 逍遥三郎
[考研] 通信工程求调剂!!! +4 zlb770521 2026-04-14 4/200 2026-04-14 18:19 by lbsjt
[考研] 化学070300 求调剂 +23 哈哈哈^_^ 2026-04-12 23/1150 2026-04-14 16:30 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +8 超人不会飞@ 2026-04-08 8/400 2026-04-14 16:06 by zs92450
[考研] 生物学调剂 +7 纸扇zhishan 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:21 by jyl0317
[考研] 求调剂 +12 璃茉一定上岸 2026-04-10 13/650 2026-04-14 00:08 by Equinoxhua
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线,领导幸灾乐祸,教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 求调剂 +6 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-11 20:14 by 逆水乘风
[考研] 359求调剂 +5 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 19:55 by lbsjt
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 一志愿东北大学控制工程085406数二英二385,求调剂 +8 Ezra_Zhang 2026-04-09 8/400 2026-04-11 09:15 by 猪会飞
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 283电子信息求调剂 +4 三石WL 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:21 by wp06
[考研] 招收有机化学、化工,药学,食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
信息提示
请填处理意见