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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » ChIP实验DNA超声破碎打不断怎么回事？
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1990_feiyu

新虫 (初入文坛)

[交流] ChIP实验DNA超声破碎打不断怎么回事？ 已有4人参与

如标题啊，我是做蓝藻的，找DNA-蛋白结合位点，可是DNA破碎一步就是做不出来，我是把100ml的菌液（OD730=0.6）回收做细胞破碎，离心上清用实验室的仪器做超声，可就是没反应，超与不超是一样的条带，但是把DNA纯化出来就能超碎，有没有谁知道是为什么呢，是不是我哪一步做错了，一个月了，我是新手，有相关经验的帮忙指点一下。
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1楼 2014-03-31 22:14:18
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taojun

木虫 (著名写手)
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-04 23:10:04
你往菌液里面加点SDS LYSIS BUFFER就可以了
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2楼2014-05-06 17:24:53
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meng_xu

铜虫 (小有名气)
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-05 19:08:06
可能是你的细胞结构的问题，要么选择裂解细胞，要么就选择增加超生破碎的次数，应该可以吧
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3楼2014-05-07 03:47:11
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feiyu_1990

新虫 (初入文坛)
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-05 19:08:18
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2楼: Originally posted by taojun at 2014-05-06 17:24:53
你往菌液里面加点SDS LYSIS BUFFER就可以了

我是先将细胞破碎完，离心取上清再超声的，前一阵往里加了融膜的Triton X-100，变成部分能超碎了，一部分在下面弥散的带，一部分还是在未超声DNA基因组那，这个是为什么呢？
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4楼2014-07-04 20:19:46
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feiyu_1990

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by meng_xu at 2014-05-07 03:47:11
可能是你的细胞结构的问题，要么选择裂解细胞，要么就选择增加超生破碎的次数，应该可以吧

我是用机械破碎完细胞取上清超声的，现在只能部分超碎，不知道为什么啊
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5楼2014-07-04 20:21:10
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taojun

木虫 (著名写手)
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-05 19:08:27
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4楼: Originally posted by feiyu_1990 at 2014-07-04 20:19:46
我是先将细胞破碎完，离心取上清再超声的，前一阵往里加了融膜的Triton X-100，变成部分能超碎了，一部分在下面弥散的带，一部分还是在未超声DNA基因组那，这个是为什么呢？...

出现在基因组地方的条带是因为你没有超声打断一部分基因组，你的超声波力度不大，你的超声波程序是什么呢？
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6楼2014-07-05 16:36:22
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feiyu_1990

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by taojun at 2014-07-05 16:36:22
出现在基因组地方的条带是因为你没有超声打断一部分基因组，你的超声波力度不大，你的超声波程序是什么呢？...

我的程序是10 s，30 s ice，20%功率，型号是东芝JY99-IIDN，其实这个是标配大探头的，我们实验室只有这个仪器，安了个2mm的小探头，是不是仪器的问题，还总是不工作，主机响，能量传不到探头，一换水就好了，我的样品就不行，我们这个破菌的效果都不怎么好，但是把DNA基因组纯化出来超声，效果还是挺好的。蓝藻做7942时也能都打碎，到6803时就不行了，6803膜特别多，几乎是融不完的。
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7楼2014-07-21 10:46:48
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taojun

木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by feiyu_1990 at 2014-07-21 10:46:48
我的程序是10 s，30 s ice，20%功率，型号是东芝JY99-IIDN，其实这个是标配大探头的，我们实验室只有这个仪器，安了个2mm的小探头，是不是仪器的问题，还总是不工作，主机响，能量传不到探头，一换水就好了，我的样 ...

说明你的细菌膜太厚了，我的样本是线虫，我的程序是10 on，59.9off，功率是50%，一共20次，我看了条带都是200-800的！
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8楼2014-07-22 08:59:18
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atikou

禁虫
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9楼2022-03-29 14:45:26
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atikou

禁虫
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10楼2022-03-29 14:48:33
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