24小时热门版块排行榜    

查看: 1593  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

missducksong

铜虫 (小有名气)

[求助] Open Babel 使用问题,下面的那个例子怎么做呢,求帮助

如下的几个分子对应的SMILES formula,怎么样用Open Babel 软件的Pybel 使其转成SMILES forms呢?这个SMILES forms是以个后缀为.mol文件还是什么呢?


分子                                          SMILES formula
2-Methylpropyl tetradecanoate         CCCCCCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
2-Methylpropyl dodecanoate            CCCCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
2-Methylpropyl decanoate              CCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
3-Methylbutyl tetradecanoate           CCCCCCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
3-Methylbutyl dodecanoate              CCCCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
3-Methylbutyl decanoate                 CCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
回复此楼
.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missducksong

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-28 18:17:10
是一个以smi为后缀的文本文件
babel -i mol2 input.mol2 -o smi output.smi

嗯,谢谢你啦。我还想问下您  这个转换在软件中具体怎么操作的呢?能不能麻烦你把步骤截图给我呢?谢谢啦
.
3楼2014-03-28 19:36:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
missducksong: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 前辈回答的很到位,还望前辈把open babel的具体实现步骤截图给我看呢,谢谢啦 2014-03-28 19:58:37
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-03-28 20:58:35
本帖内容被屏蔽

2楼2014-03-28 18:17:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2014-03-28 20:53:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

missducksong

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-29 08:36:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-03-28 20:53:10
你用的windows版?直接点按钮就行...

前辈您看,我打开的软件,点击那个按钮呢?还有就是怎么把原始的SMILES formulas数据导入进来呢?
Open Babel 使用问题,下面的那个例子怎么做呢,求帮助
open babel软件打开界面.jpg

.
5楼2014-03-28 22:34:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
请填处理意见