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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Open Babel 使用问题，下面的那个例子怎么做呢，求帮助
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missducksong

铜虫 (小有名气)

[求助] Open Babel 使用问题，下面的那个例子怎么做呢，求帮助

如下的几个分子对应的SMILES formula，怎么样用Open Babel 软件的Pybel 使其转成SMILES forms呢？这个SMILES forms是以个后缀为.mol文件还是什么呢？


分子                                          SMILES formula
2-Methylpropyl tetradecanoate         CCCCCCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
2-Methylpropyl dodecanoate            CCCCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
2-Methylpropyl decanoate              CCCCCCCCCC(=O)OCC(C)C
3-Methylbutyl tetradecanoate           CCCCCCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
3-Methylbutyl dodecanoate              CCCCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
3-Methylbutyl decanoate                 CCCCCCCCCC(=O)OCCC(C)C
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1楼 2014-03-28 10:38:10
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
missducksong: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 前辈回答的很到位，还望前辈把open babel的具体实现步骤截图给我看呢，谢谢啦 2014-03-28 19:58:37
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-03-28 20:58:35
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-28 18:17:10
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-28 18:17:10
是一个以smi为后缀的文本文件
babel -i mol2 input.mol2 -o smi output.smi

嗯，谢谢你啦。我还想问下您  这个转换在软件中具体怎么操作的呢？能不能麻烦你把步骤截图给我呢？谢谢啦
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.
3楼2014-03-28 19:36:23
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-03-28 20:53:10
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missducksong

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-29 08:36:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-03-28 20:53:10
你用的windows版？直接点按钮就行...

前辈您看，我打开的软件，点击那个按钮呢？还有就是怎么把原始的SMILES formulas数据导入进来呢？
Open Babel 使用问题，下面的那个例子怎么做呢，求帮助
open babel软件打开界面.jpg
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5楼2014-03-28 22:34:15
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