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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » linux shell循环的问题
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aioroslove

金虫 (小有名气)

[求助] linux shell循环的问题 已有2人参与

请问大家，在shell sh里的程序如下：
#!/bin/bash
for R in "H2orbit.gjf"
do
R=1
while (( R<=10 ))
do
g09 < H2orbit.gjf > ${R}.out&
R=$(($R+1))
done
done



H2orbit.gjf就是画轨道的，但是在gjf文件里必须给定R的值，这样一来while循环没起到作用了 每次g09的都是原来的文件，请问要如何修改才能在不同的R值处生成轨道信息？？？


有高手愿意回答一下吗 谢谢
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1楼 2014-03-26 18:28:56
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+2 2014-03-27 09:28:37
你要把gif里面的R替换成需要的值啊
用sed就可以了
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2楼2014-03-26 22:55:38
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aioroslove: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 不过我已经用sed解决了 2014-03-27 09:03:35
gkf高: 金币+2 2014-03-27 09:28:49
Try this...
CODE:
#!/bin/bash

for (( R=1; R<=10; R++))
do

cat > run_$R.gjf << EOF
%chk=run_$R.chk
# B3LYP/aug-cc-pvdz

Just for example ...

0 1
H
H 1 $R

EOF

g09 run_$R.gjf run_$R.out

done

上面只是举例，实际运行会出错，因为bond Length变量必须为实数而非整数。
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3楼2014-03-27 01:46:52
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aioroslove

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2014-03-26 22:55:38
你要把gif里面的R替换成需要的值啊
用sed就可以了

是的 用sed可以解决
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4楼2014-03-27 09:02:59
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