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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 刚性扫描，多次算不出来，怎么回事
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xiemeng101

新虫 (小有名气)

[求助] 刚性扫描，多次算不出来，怎么回事 已有2人参与

我想做个刚性扫描，扫描某一个角，由于自动输出的内坐标里没有我想扫描的角，我就用三个原子标号表示这个角，如 A 6 26 17 S 20 5.000000，但交到服务器上后几乎刚交上就跳出来不算了，多次这样，求助:这是怎么回事？？？下面是我的输入文件
%nproc=8
%mem=14GB
%chk=angle1.chk
# scan mp2/6-31g

Title Card Required

0 1
C              
C                1    1.39456597
C                2    1.40534701   1  119.66223853
C                  3    1.40528280    2  117.13178595    1    0.32408916    0
C                  4    1.39706023    3  119.66966588    2   -0.34284043    0
N                  5    1.35110636    4  122.94301980    3    0.15919837    0
H                  1    1.08312161    6  113.82816185    5  179.99170818    0
H                  2    1.08560991    1  119.82357623    6  179.92856330    0
H                  4    1.08562717    3  120.38932440    2  179.62595417    0
H                  5    1.08506862    4  120.85313977    3 -179.85922016    0
C                  3    1.51029495    2  121.43733264    1 -178.53510754    0
H                 11    1.09487640    3  111.42549835    2  -29.97454202    0
H                 11    1.09837830    3  110.85071727    2   89.47374818    0
H                 11    1.09487264    3  111.47161043    2 -151.03348565    0
C                  1    6.21543299    6  108.65896451    5  177.16908393    0
C                 15    1.39710800    1   13.61743947    6   -0.45186442    0
C                 16    1.40025421   15  119.78464174    1  164.47176238    0
C                 17    1.40012135   16  120.34214199   15   -1.01740978    0
C                 18    1.39719134   17  119.89083637   16    0.93638387    0
C                 15    1.40133968    1  132.91380519    6   18.79979159    0
H                 15    1.08517727    1  107.00319153    6 -166.20801902    0
H                 16    1.08445878   15  120.57677619    1  -15.99815150    0
H                 18    1.08435048   17  119.31633953   16 -179.50140083    0
H                 19    1.08512800   18  120.09697450   17  179.78914764    0
H                 20    1.08543520   15  119.90556947    1  174.67108977    0
Se                17    1.92175504   16  119.17678172   15  178.75305955    0
Br                26    2.48961853   17   95.90093041   16   91.37614511    0

A 6 26 17 S 20 5.000000
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1楼 2014-03-13 10:20:31
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
出错信息是怎么样的呢？
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2楼2014-03-13 10:43:28
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xiemeng101

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-03-13 10:43:28
出错信息是怎么样的呢？

就不显示出错信息，
******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                13-Mar-2014
******************************************
%nproc=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
%mem=14GB
%chk=angle1.chk
ntrex1
刚显示要算的信息，就退出了，没有下文，还是多次这样。
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3楼2014-03-13 10:47:01
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xiemeng101

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-03-13 10:43:28
出错信息是怎么样的呢？

我的输入文件没有错误吧？？
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4楼2014-03-13 10:48:15
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2014-03-13 16:32:16
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiemeng101 at 2014-03-13 10:48:15
我的输入文件没有错误吧？？...

问题出在z矩阵里没有变量，你需要重新规划下你的分子描述

No variables in Z-matrix.
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5楼2014-03-13 11:18:08
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wqltting

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
6楼2014-03-13 11:33:29
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xiemeng101

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-03-13 11:18:08
问题出在z矩阵里没有变量，你需要重新规划下你的分子描述

No variables in Z-matrix....

额，这怎么改？
我是先优化好了结构就直接做的scan，直接用gaussview直接生成的内坐标。
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7楼2014-03-13 11:36:44
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xiemeng101

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wqltting at 2014-03-13 11:33:29
额，整体感觉好像没有错误，但是我不明白你这个内坐标的显示好奇怪，我第一次见这样的内坐标哎

你是不是见过这样的：它两一样的吧
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
N                  5            B5    4            A4    3            D3    0
H                  1            B6    6            A5    5            D4    0
H                  2            B7    1            A6    6            D5    0
H                  4            B8    3            A7    2            D6    0
H                  5            B9    4            A8    3            D7    0
C                  3           B10    2            A9    1            D8    0
H                 11           B11    3           A10    2            D9    0
H                 11           B12    3           A11    2           D10    0
H                 11           B13    3           A12    2           D11    0
C                  1           B14    6           A13    5           D12    0
C                 15           B15    1           A14    6           D13    0
C                 16           B16   15           A15    1           D14    0
C                 17           B17   16           A16   15           D15    0
C                 18           B18   17           A17   16           D16    0
C                 15           B19    1           A18    6           D17    0
H                 15           B20    1           A19    6           D18    0
H                 16           B21   15           A20    1           D19    0
H                 18           B22   17           A21   16           D20    0
H                 19           B23   18           A22   17           D21    0
H                 20           B24   15           A23    1           D22    0
Se                17           B25   16           A24   15           D23    0
Br                26           B26   17           A25   16           D24    0

   B1             1.39456597
   B2             1.40534701
   B3             1.40528280
   B4             1.39706023
   B5             1.35110636
   B6             1.08312161
   B7             1.08560991
   B8             1.08562717
   B9             1.08506862
   B10            1.51029495
   B11            1.09487640
   B12            1.09837830
   B13            1.09487264
   B14            6.21543299
   B15            1.39710800
   B16            1.40025421
   B17            1.40012135
   B18            1.39719134
   B19            1.40133968
   B20            1.08517727
   B21            1.08445878
   B22            1.08435048
   B23            1.08512800
   B24            1.08543520
   B25            1.92175504
   B26            2.48961853
   A1           119.66223853
   A2           117.13178595
   A3           119.66966588
   A4           122.94301980
   A5           113.82816185
   A6           119.82357623
   A7           120.38932440
   A8           120.85313977
   A9           121.43733264
   A10          111.42549835
   A11          110.85071727
   A12          111.47161043
   A13          108.65896451
   A14           13.61743947
   A15          119.78464174
   A16          120.34214199
   A17          119.89083637
   A18          132.91380519
   A19          107.00319153
   A20          120.57677619
   A21          119.31633953
   A22          120.09697450
   A23          119.90556947
   A24          119.17678172
   A25           95.90093041
   D1             0.32408916
   D2            -0.34284043
   D3             0.15919837
   D4           179.99170818
   D5           179.92856330
   D6           179.62595417
   D7          -179.85922016
   D8          -178.53510754
   D9           -29.97454202
   D10           89.47374818
   D11         -151.03348565
   D12          177.16908393
   D13           -0.45186442
   D14          164.47176238
   D15           -1.01740978
   D16            0.93638387
   D17           18.79979159
   D18         -166.20801902
   D19          -15.99815150
   D20         -179.50140083
   D21          179.78914764
   D22          174.67108977
   D23          178.75305955
   D24           91.37614511
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8楼2014-03-13 11:44:45
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiemeng101: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-03-13 21:14:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiemeng101 at 2014-03-13 11:36:44
额，这怎么改？
我是先优化好了结构就直接做的scan，直接用gaussview直接生成的内坐标。...

可以用opt=modredundant，分子描述用直角坐标（内坐标我没做过），你这样的步长输入是可以的。
如果一定要刚性扫描的话，高斯手册里scan关键词里指出是用内坐标+变量的输入形式。
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9楼2014-03-13 11:56:29
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wqltting

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2014-03-13 14:51:28
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