应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗
191/2返回列表12下一页
查看: 2458  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗

我的两个植物样，送去做microRNA的illumina HiSeq测序，公司给我送回来的数据是paired-end类型的，每个样品都有两个同样大小的序列文件，分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。
现在在前期过滤序列时遇到了问题了，同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样，过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一个样品的一份数据，这样在最终获得clean reads时，就需要有所取舍，现在不知道该怎么办了，求教各位大牛赐教？！
我现在有三种想法：1. 保留一份数据；2. 把两份数据加和起来；3. 保留两个文件中相同的序列的一份，外加不同的质量高的那条序列（这个难度比较大，还没想好怎么做）。
以前看过microRNA的文献资料描述的基本都是single end的，很少看到paired-end的，如果有人有这方面的文献资料或好的软件，也可以分享给我啊，先谢谢诸位了！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

miRNA测序数据分析

» 猜你喜欢
每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-02-28 14:52:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

XOooZzz

银虫 (小有名气)
能不能贴一小段上来看看是什么样子的？我最近在学编程，看能不能给你写个小程序
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2014-03-02 12:41:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

中丘子

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
yuehedou: 金币+1, ★有帮助, 感谢参与 2014-02-28 21:13:36
你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2014-02-28 16:53:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

中丘子

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
3楼2014-02-28 16:54:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)
请问为啥microRNA 还要测PE呢?
赞一下 回复此楼
4楼2014-02-28 21:02:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 中丘子 at 2014-02-28 16:53:33
你们为什么不直接让测序公司帮你们分析一下呢，至少可以当面向他们请教下吧。他们应是有这个义务的。

这个他们当时大概分析了一下，但感觉他们给的数据和图片都很粗糙，于是想自己分析一下。
向公司请教这个倒是可以有，我试试。
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
5楼2014-02-28 21:12:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2014-02-28 21:02:55
请问为啥microRNA 还要测PE呢?

失误吧，老板当时不太懂，直接交给公司的，没想到拿到数据是paired-end的
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
6楼2014-02-28 21:15:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XOooZzz

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我想向lz请教一下，paired end的microRNA数据是怎么样的呢？测的是microRNA成熟体？那读长不是很短？
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-01 00:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-03-01 00:08:24
我想向lz请教一下，paired end的microRNA数据是怎么样的呢？测的是microRNA成熟体？那读长不是很短？

是的，读长很短，两个文件数据分别去掉接头后，对应序列等长且反向互补。
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
8楼2014-03-01 11:46:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

XOooZzz

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yuehedou: 金币+1, ★有帮助, 多谢关注！ 2014-03-02 11:13:01
yuehedou: 金币+2, ★有帮助, 加油 2014-03-03 15:05:53
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励交流 2014-03-03 18:38:24
yuehedou: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢参与讨论！ 2014-03-05 09:39:24
我没接触过，不懂，但同意方法3。
“保留两个文件中相同的序列的一份”这一步应该不难；
“外加不同的质量高的那条序列”这一步，不知道是怎么看到测序质量的信息的？
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-01 12:47:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-03-01 12:47:33
我没接触过，不懂，但同意方法3。
“保留两个文件中相同的序列的一份”这一步应该不难；
“外加不同的质量高的那条序列”这一步，不知道是怎么看到测序质量的信息的？

fastq文件，第四行就是质量值啊！
想这样做，但没找到具有这种功能的软件……自己的编程能力恐怕还做不到这一点，纠结中……
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
10楼2014-03-02 11:12:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuehedou 的主题更新
191/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +3 基诺咪客 2026-08-17 3/150 2026-08-17 15:25 by xinshengwu
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +7 wangze12014 2026-08-14 9/450 2026-08-17 14:59 by wangze12014
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +33 医学老男孩 2026-08-13 80/4000 2026-08-17 14:40 by yq199112088
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 6/300 2026-08-17 13:58 by EYK67XJMj64E
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 13:49 by EYK67XJMj64E
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 i7NFEVbjQMM5 2026-08-16 4/200 2026-08-17 12:10 by 4GBAYCdVQoK3
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 3/150 2026-08-17 09:49 by xLVPIRuSvCUe
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭