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yuehedou

木虫 (小有名气)

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[求助] 有人做过或接触过microRNA的paired-end测序数据分析吗

我的两个植物样，送去做microRNA的illumina HiSeq测序，公司给我送回来的数据是paired-end类型的，每个样品都有两个同样大小的序列文件，分别存储microRNA的序列及其反向互补序列。
现在在前期过滤序列时遇到了问题了，同一个样品的两份数据因为其测序质量不一样，过滤掉的reads就可能不一样。我的问题是后续分析都只需一个样品的一份数据，这样在最终获得clean reads时，就需要有所取舍，现在不知道该怎么办了，求教各位大牛赐教？！
我现在有三种想法：1. 保留一份数据；2. 把两份数据加和起来；3. 保留两个文件中相同的序列的一份，外加不同的质量高的那条序列（这个难度比较大，还没想好怎么做）。
以前看过microRNA的文献资料描述的基本都是single end的，很少看到paired-end的，如果有人有这方面的文献资料或好的软件，也可以分享给我啊，先谢谢诸位了！

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每天都为自己的无知而羞耻！

1楼 2014-02-28 14:52:56

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yuehedou

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引用回帖:

13楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-03-03 16:12:25
没看明白你的量种替换方法...是这样的意思吗：
1、两个对应的序列逐个碱基比较，保留质量高的那个碱基。最终得到的单一序列里可能有部分碱基来自序列1，部分来自序列2。
2、没看懂....

刚瞄了一下fastq格式， ...

2的意思是，如果实现1比较困难，就做简单的：算出整条序列的总质量值（每个碱基的加和），再比较两条对应序列的总质量值大小。
我这些序列的质量值是illumina的offset 64系列的，但仍然是与ascii大小对应，你试试？