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傲雪清霜

银虫 (小有名气)

[求助] 5‘Race验证miRNA靶点的原理 已有2人参与

大家好,近期内急需做验证miRNA靶点的实验,考虑要用RACE,但是首次接触,感觉很多问题想不明白,
头都要涨破了,于是在自己继续摸索的同时,想请有这方面经验的虫友赐教,先表示感谢

1.我研究的物种是一个基因组没测过序的,但有其对应的转录组,这样可否进行实验验证?

2.如果可以,那么动物miRNA怎么在对应的转录本里找寻相对应的靶标序列(种子序列完全互补?其余序列
   允许几个错配?大概需要上下几kb?)?

3.miRNA应该跟mRNA 3‘UTR结合,那为什么要用5’RACE (主要是扩5‘UTR),而不是用3’URT?是因为反转录
   出来的cDNA跟实际的mRNA是互补的吗?如果是这样,那么特异性引物设计的时候应该是跟mRNA序列一致
   的而非反向互补吧。

4.具体试剂盒考虑买Takara的,不知道其效果怎样?大概多久能出结果?

5.有没有动物中做5‘RACE验证miRNA靶标相关的文献可以推荐?

这些问题时本人怀着极其虔诚而又焦虑的心情写下的,怕写少了,见这不明所以;写的多了,又觉啰嗦,请亲们不吝赐教吧!
搬个小板凳在线等~~~:
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有时候我可以理解这个世界,有时候又什么都不懂~
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傲雪清霜

银虫 (小有名气)

引用回帖:
20楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-02-25 16:34:08
如果条带很多又分不清哪个是目标条带的话,我一般先切胶回收,用回收物重做一次PCR然后送去测序。看看哪个条带测序结果与实验预期相符再做转化,然后挑10个克隆再测序。
我翻翻以前的文字....贴下面吧:
这里不建 ...

你好,为嘛胶回收后跑胶验证是单一目的条带,但以此为模板在进行PCR又会出现杂带?如果主条带比目的条带亮很多的话,可不可以直接PCR产物测序啊?
有时候我可以理解这个世界,有时候又什么都不懂~
23楼2014-02-26 13:38:27
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傲雪清霜

银虫 (小有名气)

引用回帖:
24楼: Originally posted by XOooZzz at 2014-02-26 15:51:26
引物特异性不好?或者回收时夹杂了一些别的片段?
你的意思是主条带不是目的条带?而且主条带很亮?
直接PCR产物测序可以看看你选的测序公司的要求呃,有的可以,有的要求没有杂带.
杂带很多的话试试直接连T载体 ...

主条带是目的条带很亮,但是还有其他肉眼可见条带,华大测的,据说可以。
最后挑好的单克隆直接测序就好了吧?如果菌液PCR后测序貌似没多大意思?
之前的问题你回答的很详细,可能由于我没有表述清楚,有个细节我不明白:
包含目的条带的PCR产物应该不止一条,是先把该PCR产物连接,转化,挑克隆,
然后菌液PCR挑选有条带(此处的条带应该大小不同)的菌液去测序找切割位点,然
后统计切割率?
还是PCR后把比较明亮的带都切下来分别胶回收,以回收后的产物去连接转化挑克隆,
从中挑选一定数量的白斑去测序,计算测到切割条带和其他情况的比率(包括假阳性)?
我觉得貌似第一种理解更合理,
有时候我可以理解这个世界,有时候又什么都不懂~
25楼2014-02-26 16:26:08
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