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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 网络生活区 » 有奖问答 » 实验讨论 » NCBI上传序列的问题 急 切
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cxfans

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] NCBI上传序列的问题 急 切

扩增了一段基因部分片段（cDNA扩增），bankit上传，到feature阶段，因为是可翻译基因，选择cDS，但粘贴上氨基酸序列后，出现错误，说我的核酸序列不够长，不足以翻译蛋白，请上传正确序列。可是我扩增的就是partial sequence。不知如何进行了，我的核酸序列450bp。急求相关大神帮忙！！！大巴金币送上

[ Last edited by liusir3836 on 2014-1-25 at 20:58 ]
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1楼 2014-01-25 16:17:35
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cxfans

铁杆木虫 (著名写手)
补加一句 我的核酸序列450bp
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2楼2014-01-25 16:31:31
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seizetheday

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在feature阶段，是要对核酸序列做出注释，即从第几个碱基到第几个碱基编码的是什么蛋白，先在txt文件中注释好了，再上传上去即可，如果出现错误会提示。下面是一个例子：
>Feature Seq1
<75        104        CDS       
167        200       
253        >546       
                           product        histone
                           codon_start        2
<75        104        mRNA       
167        200       
253        >546
                            product        histone
>Feature Seq2
<75        104        CDS       
167        200       
253        >546       
                           product        histone
                           codon_start        2
<75        104        mRNA       
167        200       
253        >546
                            product        histone
>Feature Seq3
<22        51        CDS       
113        >440       
                           product        histone
                           codon_start        1
<22        51        mRNA       
113        >440
                            product        histone
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3楼2014-01-26 15:43:21
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mao081312

铁虫 (小有名气)
粘贴上氨基酸序列？氨基酸序列不是根据核酸序列自动翻译的么

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-01-27 12:53:44
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JNVBNC

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

没有完整的CDS，是无法翻译成氨基酸的。你是部分CDS，就不要在Feature里选翻译产物了
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5楼2014-02-12 07:51:29
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晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by seizetheday at 2014-01-26 15:43:21
在feature阶段，是要对核酸序列做出注释，即从第几个碱基到第几个碱基编码的是什么蛋白，先在txt文件中注释好了，再上传上去即可，如果出现错误会提示。下面是一个例子：
>Feature Seq1
<75        104        CDS       
167         ...

那请问如果一条序列上有好几个不同的基因怎么上传呢？
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6楼2014-02-27 13:28:42
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