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额敏的雪

金虫 (著名写手)

[求助] PCR后跑胶没有任何条带 已有17人参与

自己设计了10对引物,跑胶没有任何条带,10对引物都没有出条带,可能原因是什么?是不是说明引物设计的不好?
因为,1.同样的cDNA,用别人的引物(同一植物的其他基因引物)就有条带。2.做了温度梯度PCR,每个温度梯度都没有条带,3 用引物直接跑胶,引物有条带,说明引物存在(我担心稀释的时候引物不小心散出来),4 ,请问还能做些什么来找出问题产生的原因
可是设计引物的时候什么二聚体,错配,跨内含子的网上书上找到的哪些能注意的我都注意了,为什么没有条带,请问引物设计还要注意什么?
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luochao2111

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2014-01-28 22:46:01
我已经硕博五年级了,PCR做的非常多了。给你几点建议:
首先,确认一下你的引物是否有效,如果设计的引物不跨内含子的话,可以直接以基因组DNA做模板PCR一下(cDNA是由mRNA反转录的,mRNA的表达有组织特异性,同时还有因不同培养条件处理表达的选择性剪接差异。如果mRNA里都没有你的基因表达,那肯定是p不出来的)
其次,选取你的基因对应高表达的组织来提mRNA,反转录做模板。可以提高克隆成功的效率
最后,请确保PCR的引物、模板、buffer、dNTP、酶都是彻底混匀后添加,且添加顺序最好为ddH2O,buffer,dNTP,引物,模板,酶
28楼2014-01-25 23:37:55
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-16 21:28:45
是不是你参考的基因在里面没有表达。再一个看看你的引物在基因的位置不要在内含子上。
hehe
2楼2014-01-16 20:22:01
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mjt2007

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-16 21:28:54
1.不一定是引物的问题,换个Taq酶试一试;
2. 如果10对引物退火温度合适,交叉使用试一下。
好运!
Theworldisnotinyourbooksandmaps,itisoutthere.
3楼2014-01-16 20:26:51
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额敏的雪

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by mjt2007 at 2014-01-16 20:26:51
1.不一定是引物的问题,换个Taq酶试一试;
2. 如果10对引物退火温度合适,交叉使用试一下。
好运!

交叉?就是把不同基因的引物混一起pcr?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-01-16 20:31:24
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