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xin641685388

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于一对引物同时扩增多个不同基因的问题 已有1人参与

请教大家谁知道怎么设计一对引物同时去扩增多个不同基因呀,这多个基因是来自于同一基因组DNA的,引物特异性不用很好,只要扩增的目的片段里面有这几个基因的片段就可以,求助呀,请问大家谁知道这个引物要去怎么设计,需要什么软件吗?谢谢啦!
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xin641685388

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by kx444555 at 2013-12-31 09:24:47
上游有配对的基因,下游没有也扩增不出,如果用DNAMAN 比的话,估计不准,DNAMAN是依照最大同源性的原则去比对的,有些局部区域有同源的显示不出来,你可以两条序列比一下,找同源区,然后看看同源区在其他基因有没 ...

上下游我各找了3‘端5个碱基完全配对的引物,我打算5’端再加6、7个简并碱基,引物如果到18bp话那5‘端得13个简并碱基,这样可以吗?因为我的扩增不要求特异性很好,所以11、2个碱基是不是就行了?
5楼2013-12-31 13:31:34
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kx444555

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-30 18:12:18
这个好办,你先把几个片段同源比对一下,找一样的区域,根据一样的区域设计引物,最好多设计几对PP看
星陈代谢
2楼2013-12-30 08:27:13
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xin641685388

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kx444555 at 2013-12-30 08:27:13
这个好办,你先把几个片段同源比对一下,找一样的区域,根据一样的区域设计引物,最好多设计几对PP看

谢谢您的回复,我比对了,同源性非常低,忙活了一天,只找到了上游能完全和这五个基因配对的5个碱基。我是先在DNAMAN里比对这5个基因,几乎没有能连上的相同的碱基。您说把这5个能配对的碱基放到3‘端,在5’端多加几个简并碱基行吗?还有一个问题就是引物只有10bp左右,退火温度特别低怎么办?
3楼2013-12-30 15:29:17
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kx444555

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


gyesang: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 14:16:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by xin641685388 at 2013-12-30 15:29:17
谢谢您的回复,我比对了,同源性非常低,忙活了一天,只找到了上游能完全和这五个基因配对的5个碱基。我是先在DNAMAN里比对这5个基因,几乎没有能连上的相同的碱基。您说把这5个能配对的碱基放到3‘端,在5’ ...

上游有配对的基因,下游没有也扩增不出,如果用DNAMAN 比的话,估计不准,DNAMAN是依照最大同源性的原则去比对的,有些局部区域有同源的显示不出来,你可以两条序列比一下,找同源区,然后看看同源区在其他基因有没有,5端肯定要加上简并碱基的,引物最好能到18BP,退火温度在55度以上,
星陈代谢
4楼2013-12-31 09:24:47
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