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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 大神救命！！！菌液PCR 出来酶切质粒没有目的条带
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闻人智颖

新虫 (初入文坛)

[求助] 大神救命！！！菌液PCR 出来酶切质粒没有目的条带 已有1人参与

如题，我挑单菌落加10ul水稀释后，取6ul当模板，PCR检出目的条带，但是把剩下的4ul 划线，摇菌后提质粒酶切没有切到目的片段，反反复复做了两个多月了，眼看就快毕不了业了，求大神支招啊！！！
图1：
图2：http://img01.taobaocdn.com/imgextra/i1/398212692/T2h21uXydaXXXXXXXX_!!398212692.jpg
图3：http://img04.taobaocdn.com/imgextra/i4/398212692/T2uNKCXzxXXXXXXXXX_!!398212692.jpg

T载体2700bp左右，目的片段：1300左右


   各个图首道为MAKER(200bp ladder，最亮的为1000bp，最大的为4000)  第一个图的第二道是目的片段，后面四个为双酶切。第二个图为菌液PCR，前面4个中2,3；后面5个种1，4为目的片段（maker道除外），最后一道为含目的片段的质粒。用该4个出来目的片段的菌液摇菌后提质粒双酶切，最后一个图前面5个是另外挑的一批单克隆菌液PCR（maker 道除外），然后中间比较淡的4个为上一图的质粒双酶切，接下四个为分别单酶切，最后两个为不作处理的质粒。，
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1楼 2013-12-16 21:35:01
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hitslu

银虫 (初入文坛)
我的情况跟LZ差不多啊，菌落pcr很亮，提质粒有三条带，酶切后质粒没有明显条带只有一段弥散状，郁闷死了，估计只能送去测序了
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4楼2013-12-19 10:26:00
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-12-17 09:57:47
估计你的菌落PCR做的有问题：
1. 挑取菌落稀释在20ul 水中

2. 取2ul做模板，做菌落PCR

3. 菌落PCR的引物，最好选用载体上的一条+基因特异引物一条，或者上下游引物都是载体上的，如果两条引物都是基因特异引物很有可能会出现假阳性，就会出现你这样的，PCR有条带，抽质粒酶切不出来

4. PCR程序第一步预变性延长为5min
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-12-16 21:53:52
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闻人智颖

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-16 21:53:52
估计你的菌落PCR做的有问题：
1. 挑取菌落稀释在20ul 水中

2. 取2ul做模板，做菌落PCR

3. 菌落PCR的引物，最好选用载体上的一条+基因特异引物一条，或者上下游引物都是载体上的，如果两条引物都是基因特异引 ...

谢谢你，我第二图种2，3两个是用目的片段的引物扩出来的，后面1,4的为载体上的通用引物扩出来的，这样都出来了，照理来说假阳性不会这么严重 的啊。菌液稀释在10ul中取2ul当模板没有扩出来。反应程序是：95° 5min,98° 2min 10s， 98° 20s,  53°  15s，  72° 1min30s，72°10min，4°保温，40循环。
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3楼2013-12-17 19:28:01
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闻人智颖

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hitslu at 2013-12-19 10:26:00
我的情况跟LZ差不多啊，菌落pcr很亮，提质粒有三条带，酶切后质粒没有明显条带只有一段弥散状，郁闷死了，估计只能送去测序了

是啊，不知道是不是因为目的片段量太小的原因
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5楼2013-12-19 21:20:55
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