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闻人智颖

新虫 (初入文坛)

[求助] 大神救命!!!菌液PCR 出来酶切质粒没有目的条带 已有1人参与

如题,我挑单菌落加10ul水稀释后,取6ul当模板,PCR检出目的条带,但是把剩下的4ul 划线,摇菌后提质粒酶切没有切到目的片段,反反复复做了两个多月了,眼看就快毕不了业了,求大神支招啊!!!
图1:
图2:http://img01.taobaocdn.com/imgextra/i1/398212692/T2h21uXydaXXXXXXXX_!!398212692.jpg
图3:http://img04.taobaocdn.com/imgextra/i4/398212692/T2uNKCXzxXXXXXXXXX_!!398212692.jpg

T载体2700bp左右,目的片段:1300左右


   各个图首道为MAKER(200bp ladder,最亮的为1000bp,最大的为4000)  第一个图的第二道是目的片段,后面四个为双酶切。第二个图为菌液PCR,前面4个中2,3;后面5个种1,4为目的片段(maker道除外),最后一道为含目的片段的质粒。用该4个出来目的片段的菌液摇菌后提质粒双酶切,最后一个图前面5个是另外挑的一批单克隆菌液PCR(maker 道除外),然后中间比较淡的4个为上一图的质粒双酶切,接下四个为分别单酶切,最后两个为不作处理的质粒。,
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-12-17 09:57:47
估计你的菌落PCR做的有问题:
1. 挑取菌落稀释在20ul 水中

2. 取2ul做模板,做菌落PCR

3. 菌落PCR的引物,最好选用载体上的一条+基因特异引物一条,或者上下游引物都是载体上的,如果两条引物都是基因特异引物很有可能会出现假阳性,就会出现你这样的,PCR有条带,抽质粒酶切不出来

4. PCR程序第一步预变性延长为5min
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-12-16 21:53:52
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闻人智颖

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-12-16 21:53:52
估计你的菌落PCR做的有问题:
1. 挑取菌落稀释在20ul 水中

2. 取2ul做模板,做菌落PCR

3. 菌落PCR的引物,最好选用载体上的一条+基因特异引物一条,或者上下游引物都是载体上的,如果两条引物都是基因特异引 ...

谢谢你,我第二图种2,3两个是用目的片段的引物扩出来的,后面1,4的为载体上的通用引物扩出来的,这样都出来了,照理来说假阳性不会这么严重 的啊。菌液稀释在10ul中取2ul当模板没有扩出来。反应程序是:95° 5min,98° 2min 10s, 98° 20s,  53°  15s,  72° 1min30s,72°10min,4°保温,40循环。
3楼2013-12-17 19:28:01
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hitslu

银虫 (初入文坛)

我的情况跟LZ差不多啊,菌落pcr很亮,提质粒有三条带,酶切后质粒没有明显条带只有一段弥散状,郁闷死了,估计只能送去测序了
4楼2013-12-19 10:26:00
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闻人智颖

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hitslu at 2013-12-19 10:26:00
我的情况跟LZ差不多啊,菌落pcr很亮,提质粒有三条带,酶切后质粒没有明显条带只有一段弥散状,郁闷死了,估计只能送去测序了

是啊,不知道是不是因为目的片段量太小的原因
5楼2013-12-19 21:20:55
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小豆子J

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hitslu at 2013-12-19 10:26:00
我的情况跟LZ差不多啊,菌落pcr很亮,提质粒有三条带,酶切后质粒没有明显条带只有一段弥散状,郁闷死了,估计只能送去测序了

我每次都是菌液PCR之后没有条带,双酶切后有目的条带。
6楼2014-07-07 14:30:39
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