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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 测序回来,序列中找不到下游引物,求救啊。。。。。 已有8人参与

RT,本以为跑出来了,特别开心,因为用的是简并引物,而且简并度不算很高,换了很久的体系。
结果测序回来,只有上游引物,下游的没有,瞬间就无力了,打击有些大
和师姐分析了下,想是不是模板的问题,反转录的模板放了差不多6个月了,因为是临近暑假的时候提出来的。关于引物设计,还是打算用简并引物,各位师兄师姐能不呢给提些建议呢
我是一个刚刚接触分子没多久的菜鸟,也在看文献,可是感觉好多不懂,查了后还是有很多疑惑,不晓得该怎么办了,还有就是文献这方面看哪些比较好呢,我做的是植物基因克隆与分析这个方向
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好好后生

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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想学好的学渣: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-17 18:25:05
测序的时候没说明的话,一般都是只做上游引物测序的,末尾的都是不可信的,想要完整的要上下游都测,再互补了才行,你的同源性只有36%的话,明显不是你要的目的基因了,重新设计引物吧
11楼2013-12-16 13:48:22
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得很正常……前几十个碱基测得不准。有时能够测出来,有时候会发生偏差
我不会!
2楼2013-12-13 21:42:18
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-18 08:55:35
如果你要找测序时用的引物,很可能看不到。在靠近引物附近的干扰很大,有一二十个碱基测不出来是正常的。
3楼2013-12-14 01:38:18
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bolysu

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
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4楼2013-12-14 09:32:32
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