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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms分子模拟画结构时需要考虑单键双键和三键吗？
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-14 08:57:41
引用回帖:
8楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 17:31:38
你好
想请问一下有哪些力场涉及到炔烃？
也就是含有碳三键的？
我目前要计算的体系里含有乙炔，但是它的力场一直没有选好，现在想着自己用TraPPE力场的格式编写。
若已经有炔烃的力场，那我就省了很多功夫了。 ...

有机分子可以考虑pcff和dreiding
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11楼2013-12-13 18:55:03
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hexingyi

木虫 (职业作家)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-14 08:57:53
好像是build里面有个calculate功能，自动计算单键还是双键，很好用
分子结构最好用单晶里的数据，可以用相似的分子改动一下得到自己需要的结构
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12楼2013-12-13 19:01:25
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-13 18:55:03
有机分子可以考虑pcff和dreiding...

那这两个力场能和TraPPE力场混合使用？
我是在用towhee模拟气液相平衡，已经做完单组份的了，现在体系中增加了乙炔。
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13楼2013-12-13 19:57:21
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-14 08:58:01
引用回帖:
13楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 19:57:21
那这两个力场能和TraPPE力场混合使用？
我是在用towhee模拟气液相平衡，已经做完单组份的了，现在体系中增加了乙炔。...

我还以为你在ms里面做计算呢…towhee里的力场我不熟…

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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14楼2013-12-13 20:26:49
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by pigrass at 2013-12-13 20:26:49
我还以为你在ms里面做计算呢…towhee里的力场我不熟…
...

还是谢谢你的回复。
我刚才又查了towhee的教程，dreiding力场是可以和TraPPE力场混合使用，都是L-J力场。
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15楼2013-12-13 21:10:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
15楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-13 21:10:10
还是谢谢你的回复。
我刚才又查了towhee的教程，dreiding力场是可以和TraPPE力场混合使用，都是L-J力场。...

厉害
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2013-12-13 21:53:00
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Voland

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-14 08:58:20
如果你做的是分子力场方法，必须考虑的说，因为这样才能对原子类型进行合适的匹配。
如果你做的是量子化学方法，不需要考虑的说，因为薛定谔方程求解只和原子坐标有关系，与键怎么表示毫无关系。
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Yağma！Yağma！Yağma！
17楼2013-12-14 00:09:08
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