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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 关于力场非键L-J参数的拟合
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-14 08:56:54
gx730: 金币+1, 谢谢您的帮助 2013-12-14 09:40:16
我考虑的办法是，刚性扫描然后固定其他不被研究的对象，然后将刚性扫描所得的结果与L_J_6_12式进行拟合，所得到的参数就是一个混合后的力场参数，然后再进一步得到某个环境下某个原子的LJ参数。
当然我是这么考虑的，也没开始做，也许是错的吧。
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Yağma！Yağma！Yağma！
11楼2013-12-14 00:06:23
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by Voland at 2013-12-14 00:06:23
我考虑的办法是，刚性扫描然后固定其他不被研究的对象，然后将刚性扫描所得的结果与L_J_6_12式进行拟合，所得到的参数就是一个混合后的力场参数，然后再进一步得到某个环境下某个原子的LJ参数。
当然我是这么考虑的 ...

我现在的问题就是 如何进一步得到分子内某个基团的LJ参数？
我的分子内有六个基团，五个基团的参数已经知道，您的意思说在刚性扫面的时候固定已知的五个基团，得出的势能面进行拟合，最后的拟合参数就是第六基团的吗？
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12楼2013-12-14 09:43:06
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zlf9452006 at 2013-12-13 22:26:52
作力场参数是比较麻烦的一件事，你可以参考一下几个作LJ的经典文献，比如Jorgensen, JACS, 1996, 或者Huai Sun, JPCB, 1998。如果要作united atom可以找下Siepmann的文献。

过程一般是首先要分配适当的原子类型 ...

您给我推荐的那些文献，我都看过了，非常感谢您的回复。
只是他们的文献中都没有详细提出，分子内某个基团的参数是怎么样得到的。  有的要么是迁移，要么是和实验数据拟合，但是要怎么操作我一直想不明白。
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13楼2013-12-14 09:48:05
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zlf9452006 at 2013-12-13 22:26:52
作力场参数是比较麻烦的一件事，你可以参考一下几个作LJ的经典文献，比如Jorgensen, JACS, 1996, 或者Huai Sun, JPCB, 1998。如果要作united atom可以找下Siepmann的文献。

过程一般是首先要分配适当的原子类型 ...

谢谢您！
调整Torsion参数是如何进行的，有没有一个规则或者经验什么的？
您说的这种方法适用与TraPPE-UA力场吗？
TraPPE-UA力场中 torsion参数有   coulombin scaling 一个值
                                torsion cofficients  有四个值
这些该如何调整？
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14楼2013-12-14 10:01:44
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fish.yfyh at 2013-12-13 22:05:49
LJ是关于r(距离)的函数, r从那里来？肯定是基于输入坐标来，坐标是每个原子都有的。
这就是所谓的原子对(atom pair)，基本上目前能见到的势函数应该都是对势。
一个分子内，没有化学键(bonding)的应该都有这种作 ...

您说的很对。谢谢
做力场的是简化了一下，为了便于操作，例如减少计算时间。联合原子力场就是这个意思，不是不考虑原子之间的作用，而是把与H的相互作用加到与之相连的碳上面了
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15楼2013-12-14 10:03:37
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zlf9452006

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gx730: 金币+1, 谢谢您的帮助 2013-12-14 11:04:14
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-12-15 09:17:01
引用回帖:
14楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-14 10:01:44
谢谢您！
调整Torsion参数是如何进行的，有没有一个规则或者经验什么的？
您说的这种方法适用与TraPPE-UA力场吗？
TraPPE-UA力场中 torsion参数有   coulombin scaling 一个值
                               ...

TraPPE-UA原来用过，不过现在想不起函数形式了，但应该与AMBER，OPLS差不多。你可以在Towhee的manual上找到，Torsion的形式也能找到，应该是三到四项付立叶展开，四个参数值分别对应不同周期余弦函数的振幅，调整这些参数使单键转动量化势能面重现。
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16楼2013-12-14 10:25:07
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Voland

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-15 09:17:07
引用回帖:
12楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-14 09:43:06
我现在的问题就是 如何进一步得到分子内某个基团的LJ参数？
我的分子内有六个基团，五个基团的参数已经知道，您的意思说在刚性扫面的时候固定已知的五个基团，得出的势能面进行拟合，最后的拟合参数就是第六基团的 ...

不全是，我个人理解为，其他几个也有参与，而且在拟合的时候还需要把其他的也纳入计算范围，当然，你可以就像解方程一样地逐个剔除。
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Yağma！Yağma！Yağma！
17楼2013-12-14 12:26:12
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by Voland at 2013-12-14 12:26:12
不全是，我个人理解为，其他几个也有参与，而且在拟合的时候还需要把其他的也纳入计算范围，当然，你可以就像解方程一样地逐个剔除。...

那拟合的时候如何计算的？
一直没有想明白，不知道道该如何把量化计算的分子间的相互作用能和六个基团的非键参数进行关联
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18楼2013-12-14 14:25:17
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-15 09:16:35
引用回帖:
18楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-14 14:25:17
那拟合的时候如何计算的？
一直没有想明白，不知道道该如何把量化计算的分子间的相互作用能和六个基团的非键参数进行关联...

……唔，我觉得，就像解方程啊……你每次扫出来一个点，其他量都是可以手动量出来的，那么根据Lorentz-Benthlot规则，如果是同一类型的原子，具有相同的LJ参数，不同原子的混合LJ参数可以根据这个规则推导出来，你既然都能够知道，为啥做不出来？
当然，比较繁琐就是了。但是，一般搞力场的人，除非是课题组有很多劳动力，可以考虑大家一起上，但要是是单体的，你还是在别人的文献基础上修改参数吧。
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Yağma！Yağma！Yağma！
19楼2013-12-14 17:16:11
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gx730

金虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by Voland at 2013-12-14 17:16:11
……唔，我觉得，就像解方程啊……你每次扫出来一个点，其他量都是可以手动量出来的，那么根据Lorentz-Benthlot规则，如果是同一类型的原子，具有相同的LJ参数，不同原子的混合LJ参数可以根据这个规则推导出来，你 ...

谢谢您。
关于力场非键L-J参数的拟合
QQ图片20131214180038.jpg
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20楼2013-12-14 18:01:49
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