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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 如何用高斯模拟太赫兹吸收图谱
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★
gkf高: 金币+2 2013-12-16 10:05:24
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9楼: Originally posted by 钻石糖颗粒 at 2013-12-12 21:12:07
你好，但是如果我要模拟自由基的图谱的话，都是很简单的振动，但是看文献上的图谱都比较复杂...

你考虑过你要研究的分子的所有可能存在形式吗？
比如单体/聚合体，自由基/非自由基，质子化/非质子化，各种构象异构体的影响等等。
想从计算上准确的模拟THz光谱没那么容易，热力学的问题和动力学的问题你都要考虑的。
你最后给出的这个谱理论与实验对比的就不好！
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
11楼2013-12-12 23:15:12
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钻石糖颗粒

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11楼: Originally posted by hairan at 2013-12-12 23:15:12
你考虑过你要研究的分子的所有可能存在形式吗？
比如单体/聚合体，自由基/非自由基，质子化/非质子化，各种构象异构体的影响等等。
想从计算上准确的模拟THz光谱没那么容易，热力学的问题和动力学的问题你都要考 ...

哦，这样啊，我只是想算一下CH，CH2，CCH,C3H2，OH,C2自由基的太赫兹光谱，但是我用freq算的时候，想这些自由基的谱图都非常简单，与文献的无法对应，我看有文献算CO的转动惯量，请问一下，高斯也可以模拟分子的转动惯量吗.................
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勇敢做自己
12楼2013-12-13 19:07:24
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钻石糖颗粒

新虫 (小有名气)
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12楼: Originally posted by 钻石糖颗粒 at 2013-12-13 19:07:24
哦，这样啊，我只是想算一下CH，CH2，CCH,C3H2，OH,C2自由基的太赫兹光谱，但是我用freq算的时候，想这些自由基的谱图都非常简单，与文献的无法对应，我看有文献算CO的转动惯量，请问一下，高斯也可以模拟分子的转 ...

就是类似于这个图片里的转动惯量
如何用高斯模拟太赫兹吸收图谱
11.png
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勇敢做自己
13楼2013-12-13 19:08:41
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hairan

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瞌睡木虫

【答案】应助回帖

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gkf高: 金币+4 2013-12-16 10:05:37
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12楼: Originally posted by 钻石糖颗粒 at 2013-12-13 19:07:24
哦，这样啊，我只是想算一下CH，CH2，CCH,C3H2，OH,C2自由基的太赫兹光谱，但是我用freq算的时候，想这些自由基的谱图都非常简单，与文献的无法对应，我看有文献算CO的转动惯量，请问一下，高斯也可以模拟分子的转 ...

你的实验图谱能做到只测量自由基的振动谱吗？
如果做不到，你就应该考虑到这些自由基之间可能的结合形式。
因此，虽然你设想的自由基都很简单，但是他们的结合的组合方式却是很多的。如果不能考虑周全，就可能有关键的指纹峰对不上。

另外，计算方法也很重要，有时还要多考虑几种方法，来看看那种方法最适合你研究的体系。

我最近的一个THz光谱模拟计算，只算一种分子式确定的物质，但是考虑了它可能的真实存在形式、每种形式的可能构象异构体并测试了几种泛函，我就运行了80个计算。
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14楼2013-12-15 22:52:16
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钻石糖颗粒

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14楼: Originally posted by hairan at 2013-12-15 22:52:16
你的实验图谱能做到只测量自由基的振动谱吗？
如果做不到，你就应该考虑到这些自由基之间可能的结合形式。
因此，虽然你设想的自由基都很简单，但是他们的结合的组合方式却是很多的。如果不能考虑周全，就可能有 ...

其实我是在做一个燃烧反应的机理研究，用太赫兹做的，但是出来的图谱很复杂，只知道产物是CO2，H20，BF3，但是想用太赫兹测定一下自由基或者反应中间体，所以先用高斯模拟出来了有可能生成的自由基，再用太赫兹测定，用的是b3lyp/6-311g opt freq=raman geom=connectivity这个命令，然后转换一下横坐标，但是完全无法对应啊，请问一下，你是用什么命令算的太赫兹谱图啊
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勇敢做自己
15楼2013-12-16 09:11:28
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钻石糖颗粒

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14楼: Originally posted by hairan at 2013-12-15 22:52:16
你的实验图谱能做到只测量自由基的振动谱吗？
如果做不到，你就应该考虑到这些自由基之间可能的结合形式。
因此，虽然你设想的自由基都很简单，但是他们的结合的组合方式却是很多的。如果不能考虑周全，就可能有 ...

这是我算的CHO自由基的图谱，请指教一下
如何用高斯模拟太赫兹吸收图谱-1
1.png


如何用高斯模拟太赫兹吸收图谱-2
2.png
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16楼2013-12-16 09:16:32
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hairan

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gkf高: 金币+4 2013-12-17 10:19:53
我觉得对于燃烧过程进行的THz测量，肯定是很多物质组成的混合物的谱。
要想从理论计算上模拟清楚太难了。需要考虑热力学和动力学等多方面的因素。
比较可行的模拟方式是计算几种关键的反应物，中间体和产物，然后看看它们的THz模拟谱峰在实验谱中有没有明显的对应峰，以寻找可能正确的反应方式。
另外，燃烧的过程很迅速，温度也很高，分子不一定处于其平衡结构或者其电子态的基态。而根据结构决定性质的原理，结构和电子态难以确定也就难以模拟各种性质和图谱。这也是模拟的难点。
因此我觉得关于燃烧的各种量子化学方面的模拟还是尽量别碰了。
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17楼2013-12-16 10:23:50
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钻石糖颗粒

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17楼: Originally posted by hairan at 2013-12-16 10:23:50
我觉得对于燃烧过程进行的THz测量，肯定是很多物质组成的混合物的谱。
要想从理论计算上模拟清楚太难了。需要考虑热力学和动力学等多方面的因素。
比较可行的模拟方式是计算几种关键的反应物，中间体和产物，然后 ...

我就是想计算几种关键的自由基，比如C2，OH,CH,CH2的自由基，看看这个反应是否有生成这些自由基，只知道最终产物是CO2，H2O和BF3，其实要完全模拟也是不可能的，所以我不知道要用啥方法模拟这些自由基的太赫兹图谱，请问你是怎么用什么方法模拟的，方便加一下QQ吗..........
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18楼2013-12-16 15:02:47
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钻石糖颗粒

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17楼: Originally posted by hairan at 2013-12-16 10:23:50
我觉得对于燃烧过程进行的THz测量，肯定是很多物质组成的混合物的谱。
要想从理论计算上模拟清楚太难了。需要考虑热力学和动力学等多方面的因素。
比较可行的模拟方式是计算几种关键的反应物，中间体和产物，然后 ...

我就是想计算几种关键的自由基，比如C2，OH,CH,CH2的自由基，看看这个反应是否有生成这些自由基，只知道最终产物是CO2，H2O和BF3，其实要完全模拟也是不可能的，所以我不知道要用啥方法模拟这些自由基的太赫兹图谱，请问你是怎么用什么方法模拟的，方便加一下QQ吗..........
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19楼2013-12-16 15:02:54
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hairan

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gkf高: 金币+4 2013-12-17 10:20:01
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19楼: Originally posted by 钻石糖颗粒 at 2013-12-16 15:02:54
我就是想计算几种关键的自由基，比如C2，OH,CH,CH2的自由基，看看这个反应是否有生成这些自由基，只知道最终产物是CO2，H2O和BF3，其实要完全模拟也是不可能的，所以我不知道要用啥方法模拟这些自由基的太赫兹图谱 ...

如果是这样，我觉得你不能对分子进行彻底优化。应该是优化的差不多然后运行领子化学水平的动力学计算，比如BOMD，然后随机取动力学运行过程中的若干结构来做频率分析。
另外，你不光需要研究二重态，还需要尝试四重态甚至六重态。
要比较容易的完成这些，一个比较可行的办法是在linux编一些小的脚本，让让脚本自动去执行计算，手动计算可能会很累。
我很少挂QQ，有问题在这小木虫发短信息就行。
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20楼2013-12-17 09:46:06
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