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ottchen

铁虫 (小有名气)

[求助] A-528F这个引物序列中小写和大写字母之间的“-”代表什么意思

PCR was performed using 454 sequencing adaptor linked primers flanking the hypervariable V4 region of the 18S rRNA gene: A-528F (5’-gcctccctcgcgccatcag-GCGGTAATTCCAGCTCCAA-3‘) and B-706R (5‘-gccttgccagcccgctcag-AATCCRAGAATTTCACCTCT-3’)(adaptor sequences shown in lowercase) (Elwoodet al., 1985).

问题一:A-528F (5‘-gcctccctcgcgccatcag-GCGGTAATTCCAGCTCCAA-3’),这个引物中小写的于大写字母之间的“-”代表什么意思?这是一对引物,还是一个引物?
问题二:引物序列为什么前面部分是小写,后面部分是大写?
问题三:按文献所描述,这引物是不是扩18S rRNA基因V4高变区的序列?还是V4高变区的两侧?

谢谢!

[ Last edited by ottchen on 2013-12-3 at 16:32 ]
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ottchen

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-03 16:50:31
1、“-”只是将前面与后面的隔开,前面部分小写的是来自adaptor的序列,A-528F 是上游引物,而B-706R 是下游引物,它们共同组成一对引物。
2。大小写是为了让读者知道序列来源。
3。扩增的是18S rRNA基因V4高变区 ...

上面那句话哪个单词或短语体现了扩增的是18S rRNA基因V4高变区两侧,也包括扩增该片断高变区,是linked吗?如果只扩增高变区序列或者两侧,该用什么单词表达?谢谢!
3楼2013-12-05 19:44:13
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2013-12-03 20:30:18
1、“-”只是将前面与后面的隔开,前面部分小写的是来自adaptor的序列,A-528F 是上游引物,而B-706R 是下游引物,它们共同组成一对引物。
2。大小写是为了让读者知道序列来源。
3。扩增的是18S rRNA基因V4高变区两侧,即引物位置在高变区两侧,但扩增片断包括该高变区。
2楼2013-12-03 16:50:31
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