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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求救：愁人的bader電荷分析……大侠救命
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by gump_813 at 2013-12-03 00:37:18
http://theory.cm.utexas.edu/bader/vasp.php
不知道你是不是按照链接里的步骤做的？可能是原子volume的划分有问题。你照这个做一下试试把

确实是按照这个上面来的，先合并，再分析，怎么听有的人说要编译？我是直接下了就用的，但是这三个怎么会出现这样的结果，实在是让人郁闷，请大侠指教
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
11楼2013-12-03 09:03:43
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gump_813

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 前田庆次 at 2013-12-03 09:03:43
确实是按照这个上面来的，先合并，再分析，怎么听有的人说要编译？我是直接下了就用的，但是这三个怎么会出现这样的结果，实在是让人郁闷，请大侠指教...

如果计算没错误的话（感觉应该没问题）可能是网格不够密吧 NGX NGY NGZ 多一点试试
这个能肯定解决电子数加起来不等于总电子数的问题
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12楼2013-12-03 09:34:45
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前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by gump_813 at 2013-12-03 09:34:45
如果计算没错误的话（感觉应该没问题）可能是网格不够密吧 NGX NGY NGZ 多一点试试
这个能肯定解决电子数加起来不等于总电子数的问题...

好的，前辈，我试试网格加密一下，多谢指导
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
13楼2013-12-03 09:38:20
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lfhuang

木虫 (著名写手)
只能说：珍爱生命，远离bader analysis，尤其是共价和金属体系。
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
14楼2013-12-03 23:57:24
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前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by lfhuang at 2013-12-03 23:57:24
只能说：珍爱生命，远离bader analysis，尤其是共价和金属体系。

不知道有什麽好辦法?矸治鲭姾赊D移量，請大俠指教
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
15楼2013-12-04 00:20:11
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lfhuang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
15楼: Originally posted by 前田庆次 at 2013-12-04 00:20:11
不知道有什麽好辦法?矸治鲭姾赊D移量，請大俠指教...

Mulliken, or Löwdin population
这两者用的都是自然的原子轨道，不像Bader，太artificial了，很多结果太出乎物理之外了，虽然数学上看貌似挺漂亮的。
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
16楼2013-12-04 20:18:38
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前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lfhuang at 2013-12-04 20:18:38
Mulliken, or Löwdin population
这两者用的都是自然的原子轨道，不像Bader，太artificial了，很多结果太出乎物理之外了，虽然数学上看貌似挺漂亮的。...

不好意思，大俠，我是vasp，好像做不了Lowdin，能做Mullken嗎？應該如何做呢？小木蟲上看了一圈沒找到，請指教
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
17楼2013-12-04 21:04:15
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
前田庆次: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2013-12-05 10:26:32
fzx2008: 金币+3, 谢谢指导 2013-12-05 17:16:42
前田庆次: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-12-06 13:11:34
??????Y???е???????
1)
#            X              Y              Z           CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      2.8516      0.0000     14.9709      5.8719      0.6070     23.5489

????N?? graphene ?е? carbon CHARGE ???? 6 ?????
?@?????????r????? 6 ?? carbon pseudopotential ??????
??????????????? carbon pseudopotential
??? LDA ?е? C_f_AE ??? carbon ???????????
??????????????
??????LDA?? C_f_AE ?@?? potential ???
????N????@?N??? pseudopotential??
?@?? potential ??????????? f ?????????????? GW ???
????N???????????c?? pseudopotential ?????????

2) ??????}???F?? Sn_d
??? Sn_d ??R???? 4 electrons(Sn)????????? 14 electrons (Sn_d)
???????s?? 48, 77, 57 ?@??????????
??_?? pseudopotential ?????????N?????_??????????

3) ?????? bader ????~ ??????????????? ????ε????? Sn ?? graphene top site
    #         X           Y           Z        CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      0.0000      1.4321      0.0716      4.2822      0.5444     19.8883
    2     -1.2312      3.5536      0.0097      4.1862      0.5341     29.2822
    3     -2.4605      5.6828      0.0097      4.0437      0.5341     27.5840
    4     -3.6822      7.8098      0.0716      4.0419      0.5444     19.5622
    5      1.2312      3.5536      0.0097      4.1862      0.5341     29.2831
    6      0.0000      5.6839      0.0046      3.5521      0.5329     35.0840
    7     -1.2293      7.8153      0.0097      4.1810      0.6237     28.3925
    8     -2.4571      9.9492      0.0104      3.9786      0.5353     24.8910
    9      2.4605      5.6828      0.0097      4.0437      0.5341     27.5840
   10      1.2293      7.8153      0.0097      4.1810      0.6237     28.3328
   11      0.0000      9.9456      0.0358      3.5548      0.5328     31.6900
   12     -1.2317     12.0789      0.0358      3.8292      0.5328     32.0760
   13      3.6822      7.8098      0.0716      4.0419      0.5444     19.5622
   14      2.4571      9.9492      0.0104      3.9786      0.5353     24.8910
   15      1.2317     12.0789      0.0358      3.8292      0.5328     32.0760
   16      0.0000     14.2051      0.0104      4.3248      0.6002     24.8133
   17      0.0000      0.0000      0.0904      4.5284      0.6238     20.6944
   18      3.6865     10.6633      0.0143      4.0505      0.5407     24.3197
   19      2.4595     12.7878      0.0249      3.9629      0.5344     32.2835
   20      1.2331     14.9126      0.0143      3.9993      0.5407     24.2233
   21     -3.6865     10.6633      0.0143      4.0505      0.5407     24.2822
   22      0.0000      4.2637      0.0035      3.7685      0.5333     28.9219
   23     -1.2299      6.3940      0.0035      3.9575      0.5333     29.7732
   24     -2.4533      8.5275      0.0143      4.1287      0.5503     24.3274
   25     -2.4595     12.7878      0.0249      3.9629      0.5344     32.2835
   26      1.2299      6.3940      0.0035      3.9575      0.5333     29.7749
   27      0.0000      8.5278      0.0249      3.7627      0.5344     31.0428
   28     -1.2304     10.6574      0.0357      3.8921      0.5340     28.7674
   29     -1.2331     14.9126      0.0143      3.9993      0.5407     24.1114
   30      2.4533      8.5275      0.0143      4.1287      0.5503     24.3274
   31      1.2304     10.6574      0.0357      3.8921      0.5340     28.7648
   32      0.0000     12.7886      0.0357      4.1297      0.5342     30.1506
   33      0.0000      0.0000      2.6194     13.5934      1.2132    385.9883
--------------------------------------------------------------------------------
    VACUUM CHARGE:               0.0000
    VACUUM VOLUME:               0.0000
    NUMBER OF ELECTRONS:       142.0000

????????
?????????? valence electron=4 ??????
????CHARGE?????? 4 ????
???????????????Y???c???Y?? (T)
Sn ????c graphene ???x?s 2 A
?@?]????}
???????Y??~?Y????~ Sn ??λ??????
T   33      7.1303      0.0000      2.7788
B   33      7.4868     -0.6175      2.7575 (?? z ???? B ???? T ????????棬???^???????в? 0.03A ????~???????С??Щ~??????????)
H   33      8.5563      0.0000      3.1380 (?@?????x?V??Sn ????c graphene ?x?_ 3A ????)

H ??Y???@? Sn ?????????? graphene ?? hollow site
(Sn ?x graphene ?@?N?h~?]?Y??????????????)
?@??c?????īI??????????

3) ?????????^????????
??Sn?cgraphene ?g???x???v
??????Y???]?e~???????? E(T)~E(B) > E(H)
????????????????


??_?J??????????(POSCAR, POTCAR, INCAR, KPOINTS)??????_
?????N????~???_?J
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18楼2013-12-05 05:43:10
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前田庆次

木虫 (著名写手)
???????:
18?: Originally posted by jpchou at 2013-12-05 05:43:10
??????Y???е???????
1)
#            X              Y              Z           CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
-------------------------------------------------------------------------------- ...

(1) ???????????W?????pseudopotential???]???x????????@??????POTCAR?Y???@????@??00????????????@???汾??C?I?????????r?????4?????????????????N????6????
(2) Sn?I???????????r????@????14??
(3) ??????_????????
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
19楼2013-12-05 10:26:26
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wd12309812

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by gump_813 at 2013-12-03 00:37:18
http://theory.cm.utexas.edu/bader/vasp.php
不知道你是不是按照链接里的步骤做的？可能是原子volume的划分有问题。你照这个做一下试试把

我遇到volume划分的问题，请问增加NGX，NGY，NGZ就可以解决了吗？
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20楼2016-05-25 14:45:25
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