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garonne

铜虫 (小有名气)

[求助] 一直扩增不了目标产物,求助

求助各位大侠,本人开始课题已经8个月了,一直得不到目的基因,请各位给点建议,多谢了。
先介绍一下我的课题,我要扩增的是虾夷扇贝的一个基因,目前在NCBI数据库中只能找到海湾扇贝的这个基因,没有其他扇贝数据。
用海湾扇贝,牡蛎,蛤类,贻贝等贝类设计不出引物,如果设计兼并引物的话简并度很高,20bp的引物至少需要6个位置兼并,剔除海湾扇贝后设计了很多引物,都扩增不了。后来把海湾扇贝加进去,只能设计一个兼并引物,用这个兼并引物的正向和反向引物和marathon 试剂盒的AP1一起扩增(cDNA是marathon cDNA),得到的条带很弱,切下条带后用同样的引物做二次PCR,得到很亮的条带,切胶回收后subcloning,挑了很多菌落测序,得到的序列能够找到目标引物和AP1,但把这个序列blastn后却没有相似性。
我很怀疑我得到的序列是不是目的基因,到底是新序列还是非特异性扩增,该如何确认?
我扩增了这么久,得不到目的产物,也很难找到靠谱的引物,该如何改进策略,从蛋白入手还是建phage cDNA文库,建了文库后如果用海湾扇贝的cDNA抗体来筛选把握大不大?
该如何预判我的目标基因到底在虾夷扇贝中表达不表达?是不是我的目标产物根本不表达(从文献中看各种物种都普遍表达)?

请各位高手给点建议,多谢了。

[ Last edited by garonne on 2013-11-26 at 14:50 ]
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