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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

[求助] 用基因组DNA进行PCR怎么设计引物啊 已有1人参与

各位大神,我要用基因组DNA进行PCR反应,但现在知道了mRNA的CDS序列,请问该如何设计引物扩增出我的目的条带呢  目的条带包含一个突变位点。本人为新手,还望各位有经验人士,指点迷津,非常感谢!
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电魂

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2013-11-22 08:49:33
现在最主要的是我不知道外显子和内含子的位置,因为我只能找到mRNA序列,没有DNA序列,这样该怎么办呢...

进NCBI查下这个基因,下载CCDS序列和你的序列比对,找出位置。
7楼2013-11-22 20:01:51
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-26 09:49:52
根据CDS设计就行了,突变位点如果在目的片段两侧直接设计引物就能突,如果在中间就重叠PCR
岂能尽如人意,但求无愧我心
2楼2013-11-21 11:02:50
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守望者047

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-26 09:49:56
用ncbi的blastn查找一下,看看有没有全序列,用primerpremier5.0在跨内含子和外显子的保守区域设计引物,祝实验成功!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
数往者顺,知来者逆!
3楼2013-11-21 14:48:31
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 守望者047 at 2013-11-21 14:48:31
用ncbi的blastn查找一下,看看有没有全序列,用primerpremier5.0在跨内含子和外显子的保守区域设计引物,祝实验成功!

话说没有DNA全序列,只有mRNA序列,该怎么办?就想通过mRNA序列,找到其外显子和内含子的序列、位置  以便设计引物
4楼2013-11-21 17:05:17
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