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雪花纷芬

金虫 (小有名气)

[求助] CIF文件错误处理

晶体解完,检查CIF文件出现如下问题,怎么解决?谢谢大家
Alert level B
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    N2     --  C10     ..        9.6 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    N2     --  C11     ..        8.5 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C9     --  C8_d    ..        9.0 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C12    --  C8_d    ..       10.1 su   
PLAT367_ALERT_2_B Long?  C(sp?)-C(sp?) Bond  C9     -   C10_g  ...       1.73 Ang.  
PLAT367_ALERT_2_B Long?  C(sp?)-C(sp?) Bond  C11    -   C12_g  ...       1.75 Ang.  
PLAT601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .        173 Ang3
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forever1706

禁虫 (知名作家)

同问高手,我以前也经常遇到这类问题,貌似是键长的精度不够,以前都没处理,直接用了。
2楼2013-11-20 02:25:13
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forever1706

禁虫 (知名作家)

2楼说的是前4个B类,后面的

PLAT367_ALERT_2_B Long?  C(sp?)-C(sp?) Bond  C9     -   C10_g  ...       1.73 Ang.  
PLAT367_ALERT_2_B Long?  C(sp?)-C(sp?) Bond  C11    -   C12_g  ...       1.75 Ang.

这个可不是键长精度问题啊,你的CC键怎么会这么长,会不会原子指认错了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2013-11-20 02:26:58
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546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
雪花纷芬: 金币+10, 有帮助 2013-11-20 10:27:54
最后一个问题是由于还有未定完的原子,可能还有溶剂

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-11-20 08:40:58
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546672286

金虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 雪花纷芬 at 2013-11-20 11:54:05
但是我按你说的在ins文件里加入后还是不对啊?...

这是我一个数据处理时加过的命令,那只是个参考,不是所有的错误一个命令就能解决问题,需要的是耐心多查,多尝试,你看看你的C-N键长是不是很不合理
OMIT  -3.00  52.00
L.S. 40
EXTI  0.00170
ACTA
BOND $h
FMAP 2
PLAN 20
simu 0.01 0.02 Ag1 i1 i2 i3
simu 0.01 0.02 i1 Ag1 ag2
dfix n1 h1 0.9
damp 5000
size 0.16 0.08 0.03
delu 0.01 c1 c2
htab
htab N1   I2_$3
eqiv $3  x, -y+1/2, z+1/2
htab N2   N1_$2
eqiv $2 -x, y+1/2, -z+3/2
htab N2   I2_$1
eqiv $1  x, -y+3/2, z+1/2
FREE H1   C5  
WGHT  0.035800  0.000000
FVAR  0.057080
MOLE 1
10楼2013-11-20 14:48:40
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普通回帖

546672286

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

Hirshfeld Test Diff for         N2     --  C10     ..        9.6 su   

解决方法:ins 文件里加入 delu 0.02 N2 c10
5楼2013-11-20 08:42:47
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雪花纷芬

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 546672286 at 2013-11-20 08:42:47
Hirshfeld Test Diff for         N2     --  C10     ..        9.6 su   

解决方法:ins 文件里加入 delu 0.02 N2 c10

我想问一下,这个0.02是怎么确定的?
6楼2013-11-20 10:29:04
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546672286

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 雪花纷芬 at 2013-11-20 10:29:04
我想问一下,这个0.02是怎么确定的?...

我也是实验室的同学以前交的,是可以调的,C,N一般就按0.02
7楼2013-11-20 10:43:12
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雪花纷芬

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 546672286 at 2013-11-20 10:43:12
我也是实验室的同学以前交的,是可以调的,C,N一般就按0.02...

哦,谢谢
8楼2013-11-20 11:52:47
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雪花纷芬

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 546672286 at 2013-11-20 10:43:12
我也是实验室的同学以前交的,是可以调的,C,N一般就按0.02...

但是我按你说的在ins文件里加入后还是不对啊?
9楼2013-11-20 11:54:05
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